tophat 原理_Chip-seq原理篇

CHIP-seq

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation，ChIP)也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

实验流程：

(1)甲醛交联整个细胞系(组织)，即将目标蛋白与染色质连结起来；(这一步一般会检测下交联情况)

(2)分离基因组DNA，并用超声波将其打断成一定长度的小片段；

(3)添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结合复合体；(chip级别的抗体，会有效率问题存在，很考验抗体质量和操作)

(4)去交联，纯化DNA即得到染色质免疫沉淀的DNA样本，准备测序；

(5)将准备好的样本进行深度测序(一般会准备空白对照，排除假阳性，有两种，1.input DNA：不用任何抗体拉的DNA；2.mock IP DNA：用不含有抗体的DNA)

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分析流程：

(1)质量控制，质量可以先用fastqc快速可视化一下，很多上传到geo的数据质量都非常棒，基本不用什么处理，如果需要处理，trimmomatic，cutadapter，trim galore等等。

(2)序列比对，用bowtie2或者bwa都可以(但是这里有一个问题，很多文章他会提到read uniquely mapped 来进行下游分析，bowtie可以通过设置-m