python与go数据分析_【数据处理】python将GO注释结果整理为WEGO文件

通常，比对NR库后为m8格式，通过NR和GO数据库对应关系文件，写代码整理为Gene——>GO文件，如下：

image.png

这里是一对一的关系，要转换为WEGO格式文件，即一对多关系，如下：

image.png

用python脚本处理代码示例如下：

#! /usr/bin/env python

import optargs

import os

import sys

usage='''

tidy go annotation file to wego file

'''

option = optparse.OptionParser(usage)

option.add_option('','--infile',help='* annot file',default='')

option.add_option('','--outfile',help='* outfile',default='')

(opts,args) = option.parse_args()

infile = opts.infile

outfile = opts.outfile

def main():

acc2go = {}

res = open(outfile,'w')

for line in open(infile,'r'):

line = line.strip().split('\t')

if len(line) < 2: continue

accession = line[0]

go = line[1]

acc2go.setdefault(accession, set()).add(go)

for acc,goi in acc2go.items():

res.write("%s\t%s\n"%(acc, "\t".join(goi)))

res.close()

if __name__ == '__main__':

if len(sys.argv) < 2:

os.system("python %s -h"%(sys.args[0]))

sys.exit(1)

else:

main()