GO注释步骤（含批量）

GO分析和KEGG分析都是啥？ - 知乎

GO注释和富集分析概念介绍 - 简书

GO注释结果整理 - 简书

07. GO

mkdir 07.GO && cd 07.GO

第1步：整合GO注释结果

方法一

整合eggNOG和InterPro中的GO注释结果

发现使用本地化InterProScan的注释结果中没有GO注释

InterProScan本地化安装、配置、使用（含批量操作）_塞娅大魔王的博客-CSDN博客

但是使用EBI的工具时是有的（存在报错）

/media/aa/DATA2/bin/go_from_eggNOG_and_interpro.pl /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/04.eggNOG/pep70/eggnog_net70/$i.out.emapper.annotations /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/05.InterProScan/pep70/$i.interpro.tsv > $i.go1.annot

批量操作

批量 pep70

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/70list.txt`
do
    echo "/media/aa/DATA2/bin/go_from_eggNOG_and_interpro.pl /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/04.eggNOG/pep70/eggnog_net70/$i.out.emapper.annotations /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/05.InterProScan/pep70/$i.interpro.tsv > $i.go1.annot"
done > command.go_from_eggNOG_and_interpro.list
ParaFly -c command.go_from_eggNOG_and_interpro.list -CPU 48

批量 pepmy

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/pepmylist.txt`
do
    echo "/media/aa/DATA2/bin/go_from_eggNOG_and_interpro.pl /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/04.eggNOG/pepmy/eggnog_netmy/$i.out.emapper.annotations /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/05.InterProScan/pepmy/$i.interpro.tsv > $i.go1.annot"
done > command.go_from_eggNOG_and_interpro.list
ParaFly -c command.go_from_eggNOG_and_interpro.list -CPU 48

方法二

整合eggNOG中的GO注释结果

零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM... - 简书

eggNOG-mapper 大名鼎鼎，是一款非常全面，高效，准确，且一直在更新的软件，对应的，该团队提供了网页接口，任何人可以提交蛋白序列文件，在极短的时间内（一般几分钟）完成基因功能注释，包括：
1.具体功能描述信息
2.Gene Onotoloy注释信息
3.KEGG 注释信息
4.PFAM 注释信息
5.以及其他...

eggNOG-mapper Helper

直接整理 eggNOG-mapper 的结果，输出几个文件，分别满足不同下游分析需要。

 输出文件有四个：

# 对应的功能文本描述
out.emapper.annotations.description.txt
# 对应的是GO注释结果，可直接用于 TBtools GO富集分析，当注释背景文件
out.emapper.annotations.GO.txt
# 对应的是KEGG注释结果，可直接用于 TBtools KEGG富集分析，当背景注释文件
out.emapper.annotations.KEGG_Knum.txt
# 对应的是PFAM结构域注释，注意，这个注释结果是定性的，即有无某结构域，如果一个序列有多个相同结构域，只会显示一个
out.emapper.annotations.pfam.domain.txt

 四个文件的具体信息，截图可看

注意：这些文件是制表符分隔的文本文件，千万不要保存为 Excel 格式，以免有后续问题！

第2步：go_reducing_go_number.pl

/media/aa/DATA/SZQ2/command/clf/bin/go_reducing_go_number.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go.obo $i.go1.annot > $i.go_reduced.annot

批量操作

批量 pep70

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/70list.txt`
do
    echo "/media/aa/DATA/SZQ2/command/clf/bin/go_reducing_go_number.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go.obo $i.go1.annot > $i.go_reduced.annot"
done > command.go_reducing_go_number.list
ParaFly -c command.go_reducing_go_number.list -CPU 48

批量 pepmy

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/pepmylist.txt`
do
    echo "/media/aa/DATA/SZQ2/command/clf/bin/go_reducing_go_number.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go.obo $i.go1.annot > $i.go_reduced.annot"
done > command.go_reducing_go_number.list
ParaFly -c command.go_reducing_go_number.list -CPU 48

第3步：得到go.annot

sort $i.go_reduced.annot > $i.go.annot

批量操作

批量 pep70

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/70list.txt`
do
    echo "sort $i.go_reduced.annot > $i.go.annot"
done > command.sort.list
ParaFly -c command.sort.list -CPU 48

批量 pepmy

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/pepmylist.txt`
do
    echo "sort $i.go_reduced.annot > $i.go.annot"
done > command.sort.list
ParaFly -c command.sort.list -CPU 48

第4步：得到GO.txt

下面2种方法选一种使用即可

方法一√

/media/aa/DATA2/bin/gene_annotation_from_table.pl $i.go.annot > $i.GO.txt

批量操作

批量 pep70

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/70list.txt`
do
    echo "/media/aa/DATA2/bin/gene_annotation_from_table.pl $i.go.annot > $i.GO.txt"
done > command.gene_annotation_from_table.list
ParaFly -c command.gene_annotation_from_table.list -CPU 48

批量 pepmy

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/pepmylist.txt`
do
    echo "/media/aa/DATA2/bin/gene_annotation_from_table.pl $i.go.annot > $i.GO.txt"
done > command.gene_annotation_from_table.list
ParaFly -c command.gene_annotation_from_table.list -CPU 48

方法二

/media/aa/DATA/SZQ2/go_class/bin/annot2gaf.pl /media/aa/DATA/SZQ2/go_class/bin/go.obo go.annot > gene_association.gaf2
cut -f 2,5,9 gene_association.gaf2 | /media/aa/DATA1/bin/gene_annotation_from_table.pl - > # GO2.txt与GO.txt一样

第5步：GO wego分类图（按照goslim_agr.obo方法分了53类）

/opt/biosoft/go_class/bin/annot2wego.pl $i.go.annot > $i.go.wego

批量操作

批量 pep70

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/70list.txt`
do
    echo "/opt/biosoft/go_class/bin/annot2wego.pl $i.go.annot > $i.go.wego"
done > command.go.wego.list
ParaFly -c command.go.wego.list -CPU 48

批量 pepmy

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/pepmylist.txt`
do
    echo "/opt/biosoft/go_class/bin/annot2wego.pl $i.go.annot > $i.go.wego"
done > command.go.wego.list
ParaFly -c command.go.wego.list -CPU 48

 第6步：得到go_class.tab

/opt/biosoft/go_class/bin/get_Genes_From_GO.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go.obo $i.go.wego > $i.go_class.tab

批量操作

批量 pep70

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/70list.txt`
do
    echo "/opt/biosoft/go_class/bin/get_Genes_From_GO.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go.obo $i.go.wego > $i.go_class.tab"
done > command.go_class.list
ParaFly -c command.go_class.list -CPU 48

批量 pepmy

for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/pepmylist.txt`
do
    echo "/opt/biosoft/go_class/bin/get_Genes_From_GO.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go.obo $i.go.wego > $i.go_class.tab"
done > command.go_class.list
ParaFly -c command.go_class.list -CPU 48

接下来进行数据整理与画图