Gene Ontology 的GO注释的可视化

Gene Ontology 的GO注释的可视化@TOC

利用goatools和PyGraphviz可视化

最近因为项目的原因，需要对GO terms的注释进行可视化，在此之前已经使用visio自己画了可视化的图(天啊，工作量真的好大，画起来太麻烦啦！)。偶然间发现了一个goatools这个可视化的工具，发现自己之前写太多代码了，明明可以直接掉包的==!。

可视化的时候，必须要安装PyGraphviz。

安装PyGraphviz工具的准备以及过程

因为pyGraphviz的官网只能支持Python2.7的版本，所以只能使用conda重新安装一个虚拟环境了：

1. 安装Python2.7虚拟环境 ，conda create --name py2 python=2.7，因为只需要做可视化，只用导入必要的包就可以了，暂时不用安装其他的库；
2. 安装graphviz-2.38.msi ，安装完成之后，在系统环境变量中添加PATH=C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin，如果没有添加路径，goatools就无法画图 链接：https://pan.baidu.com/s/1SeQeiZfG-N7iKnoIT0YNRg
   提取码：u4wl
3. 安装pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl ，用pip下载容易出错，下载完成后直接 pip install pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl；
4. 安装完成后用一小段代码看是否安装成功；

import pygraphviz as pyg
g=pyg.AGraph()  #建立图  
g.add_node