qsar和matlab,基于基因芯片和QSAR的胶质瘤治疗药物研究

摘要：

胶质瘤是一种常见的原发性颅内恶性肿瘤,手术切除无法根治,结合药物治疗能够延长生存时间,但是许多药物在II期临床研究都以失败告终.目前,小分子靶向药物在临床中得到广泛应用,双靶点药物可以同时作用于两个不同的靶标,通过至少两种途径阻止肿瘤的发生,与单靶点药物相比治疗效果较好.本研究通过分析基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中的胶质瘤基因芯片数据,筛选出胶质瘤不同级别的差异表达基因EGFR和MAD2L1,并使用实时荧光定量PCR技术给予初步验证;我们还研究了表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)抑制剂的定量构效关系(Quantitative Structure-activity Relationship,QSAR),基于EGFR抑制剂的QSAR模型设计了EGFR-MAD2L1双靶点药物分子.具体研究内容分为两部分:第一部分,从GEO数据库中收集胶质瘤基因芯片表达谱数据,通过计算得到不同级别胶质瘤的差异表达显著基因(Different Expression Genes,DEGs).然后使用关联特征选择(Correlation-based Feature Subset,CFS)和最小冗余最大相关性(Minimum Redundancy Maximum Relevance,mRMR)特征筛选方法进一步筛选DEGs,II与I级胶质瘤,III与II级胶质瘤,IV与III级胶质瘤之间分别筛选出19个,21个和20个DEGs.接着,以DEGs为特征变量,使用机器学习算法分别建立不同级别胶质瘤的预测模型,得到了较好的预报准确率.此外,我们对该三组DEGs进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析,生物学通路分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和蛋白互作网络(Protein-protein Interaction,PPI)分析,发现EGFR和MAD2L1对于胶质瘤的发生和发展有一定的影响,认为EGFR和MAD2L1可以作为潜在靶点进行研究.最后,使用实时荧光定量PCR技术对EGFR基因和MAD2L1基因进行初步验证,结果表明与正常脑组织比较,EGFR基因和MAD2L1基因在胶质瘤中高表达.第二部分,首先通过数据库搜索和文献查阅,共收集了100个EGFR抑制剂和185个非抑制剂.其次,我们研究了了EGFR抑制剂的2D定量构效关(Two-dimension Quantitative Structure-activity Relationship,2D-QSAR)和3D定量构效关系(Three-dimension Quantitative Structure-activity Relationship,3D-QSAR).使用EGFR抑制剂的3D-QSAR模型,我们共设计了30个EGFR抑制剂分子,并使用2D-QSAR模型对该30个化合物进行判别,结果30个化合物均为EGFR的抑制剂;我们还使用分子对接方法将30个化合物分别与EGFR和MAD2L1(MAD2 mitotic arrest deficient-like 1)进行对接,筛选双靶点药物分子,得到了5个化合物,对该5个化合物与PubChem数据库中现有药物进行结构相似性搜索,发现5个化合物中化合物C12与Neratinib的结构相似,且有大量文献报道Neratinib是EGFR的抑制剂,但关于Neratinib与MAD2L1的关系尚未有报道.我们将Neratinib与MAD2L1进行分子对接,发现两者能够作用,于是我们进一步使用荧光光谱研究验证了Neratinib与MAD2L1的相互作用.

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