snapgene设计引物_带你玩转生物学软件之SnapGene

各位小伙伴大家好，今天正式开一个新坑：带你玩转分子生物学系列，本系列帮助大家迅速上手各种生物学软件，每周更新一款常用软件，大家有其他想要了解的分子生物学软件也可在下方留言或后台发送名称，尽可能的满足大家的要求。

SnapGene是一款分子生物学常用的应用设计软件，该软件提供了直观的用户操作界面，拥有丰富的模块供用户选择，能够帮助用户方便的分析酶切位点、标签、启动子、终止子和复制子等质粒原件，更够生成详细质粒图谱、进行引物设计和PCR克隆设计等操作，以下是软件的基本使用教程。

1.开始一个序列

新建DNA文件，输入相应核酸序列。输入序列若为质粒，在Topology option选择Circular；输入序列若为片段，在Topology option选择Linear，以下以最常用的质粒为例。在File Name处为相应序列命名。

显示质粒，质粒存在的相应feature自动添加。

左侧一系列小图标为常用工具快捷键。

其中是对酶切位点进行选择性显示的快捷键，亦可通过上方Enzymes进行操作；其中 是对feature进行显示的快捷键，亦可通过上方Features进行操作，可以对feature进行添加、删除、编辑以及输出feature应用于其他snapgene等；其中可显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向，同时可对生成的ORF进行翻译选择；其中 可进行翻译三到一以及一到三转化；其中 可选择其他序列与当前序列进行序列比对，该操作亦可通过上方tool工具操作进行。

下方图标 ，可快速进行质粒相关内容切换，满足不同需求的操作。

显示质粒序列：可看到具体核苷酸序列及质粒元件，可通过点击元件对其进行重命名、修改图标等一系列操作。

显示酶切位点：可看到所有限制性酶切位点及其所处于质粒序列的位置。

显示质粒元件：显示所有元件，亦可对其进行相应编辑

2. 引物设计与PCR

增添引物序列：选中所需引物序列15-30bp，自动出现引物长度及对应Tm值

在上方Primers-Add Primer，确认正向/反向引物及引物名称即可成功添加。

反向引物可通过点击Reverse complement完成。

PCR：Action中选择PCR，出现下图，可在初始设置引物Tm值。

引物设计如上所述，可添加构建所需预设限制性内切酶位点及保护碱基。为产物命名，保存文件。

3. 模拟克隆构建

snapGene打开构建所需质粒，点击Action-Insert Fragment

Vector：可在左侧选择酶切位点，以及对应质粒分区

Insert：选择保存的PCR产物文件，PCR产物生成见上述

如能正确生成最终产物，将在下方示意图中出现闭合环装质粒，此时可为产物命名，点击clone。

模拟电泳

点击

可对Marker进行修改，有多个品牌供货商提供的MW Marker可选

可对每个泳道进行编辑，添加所需样品，最多添加9个电泳样品，要求为保存在本地的SnapGene可打开的文件即可。生成下图示例

受限于篇幅长度，SnapGene常用功能各位小伙伴有什么对该软件其他方面的使用疑问，可在评论区留言，我们会尽可能解决你的每一个疑虑，预祝愿大家科研顺利！