通常,我们在设计引物时要遵循以下3个步骤:
- 基因查找
- 引物设计
- 引物验证
现在,我们就以常见的肿瘤TP53基因为例来演示这一过程。
TP53是一个常见的抑癌基因,在较高比例的实体瘤患者中都发现了该基因的突变。其编码的蛋白具有调控细胞分裂、增值的功能。
首先,我们打开NCBI网站,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 选择数据库,此处我们选择“Gene”数据库,并输入要查找的基因名称(Gene Symbol)
Gene Symbol是基因的名字,每个基因的Gene Symbol是固定的,搜索时应该分辨出常用名和Gene Symbol。准确的Gene Symbol可以使我们快速地检索到目标基因。
例如,当我们输入该基因的Gene Symbol “TP53”时,页面中可以很快地显示出我们需要的结果:
而当我们输入该基因平时的常用名“p53”时,则会出现相对模糊的搜索结果:
我们在这里需要注意的是,当选择的数据库不同时,搜索结果会略有差别。例如,选择不同的数据库Gene和nucleotide时,搜索TP53的界面如下: