SRA Toolkit下载工具安装

下载数据提示：

This run exceeds the download limit (>5 Gbases). Use SRA Toolkit to download runs locally in your preferred format.

开始安装：

1. 下载SRA Toolkit预编译包

访问NCBI官网下载适用于Linux的预编译版本：

# 进入下载目录（例如用户主目录）
cd ~

# 下载最新版本（以3.0.6为例，请替换为官网最新版本号）
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.6/sratoolkit.3.0.6-centos_linux64.tar.gz

# 解压到指定目录（例如/opt/sratoolkit）
sudo tar -xzvf sratoolkit.3.0.6-centos_linux64.tar.gz -C /opt

# 重命名目录（可选，便于管理）
sudo mv /opt/sratoolkit.3.0.6-centos_linux64 /opt/sratoolkit

配置环境变量

将SRA Toolkit的bin目录添加到系统路径：

# 编辑用户环境配置文件（如使用bash）
nano ~/.bashrc

# 在文件末尾添加以下内容
export PATH="/opt/sratoolkit/bin:$PATH"

# 使配置生效
source ~/.bashrc

验证安装

# 查看fastq-dump版本
fastq-dump --version
# 应输出类似：fastq-dump : 3.0.6

配置SRA Toolkit

运行交互式配置工具，设置缓存和权限：

# 运行配置工具
vdb-config -i

# 按需调整以下参数：
# 1. 按方向键选择 "Cache" → 设置缓存目录（如/home/user/ncbi/cache）。
# 2. 启用 "Remote Access" → 允许从NCBI下载数据。
# 3. 按“s”保存，按“q”退出。

测试工具功能

根据SRA Accession编号（如SRR123456）下载数据：

下载示例SRA数据并转换为FASTQ：

# 下载示例数据（SRR390728）
prefetch SRR390728

# 转换为FASTQ格式
fastq-dump --split-files SRR390728.sra

FAQ

问题1：缺少依赖库

若运行时报错（如libcrypto.so.10 not found）：

# 安装openssl库
sudo yum install openssl-devel

问题2：权限不足

若无法写入缓存目录，需调整目录权限：

sudo chmod -R 755 /path/to/cache_directory

问题3：代理设置

若需通过代理访问NCBI，设置环境变量：

# 在~/.bashrc中添加
export http_proxy="http://your_proxy:port"
export https_proxy="http://your_proxy:port"