生信技能65 - SRA数据库公共数据自动化下载及SRA批量自动化拆分

根据NCBI Metadata数据表,实现SRA数据库公共数据自动化下载及SRA批量自动化拆分。

1. 程序逻辑

  1. 根据SraRunTable.csv自动从公共数据库下载SRA文件 ;
  2. 模式0(默认)为下载模式,模式1为拆分模式,拆分支持进度显示;
  3. 提取Metadata关键信息数据,重新写入新的文本文件。

2. 运行示例

# 基础软件安装
conda install sra-tools -y

2.1 下载分析表

NCBI SRA数据库下载Metadata表,程序会自动读取当前目录下Metadata表进行数据下载。

示例:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP016573&o=library_name_s%3Aa%253Bacc_s%3Bacc_s%3Aa&s&#

### SRA Toolkit 使用指南 #### SRA Toolkit 是什么? SRA Toolkit是由NCBI推出的工具集,旨在帮助研究人员更高效地处理和下载来自Sequence Read Archive (SRA)的数据。该工具包支持多种操作系统平台,包括Windows、Linux等[^2]。 #### 安装与配置 对于Linux环境下SRA Toolkit的安装过程如下: 1. 访问[SRA Tools](https://gitcode.com/gh_mirrors/sr/sra-tools)[^1]页面获取最新版本。 2. 根据目标系统的架构选择合适的预编译二进制文件进行下载。 3. 解压并按照官方提供的README.md中的指示完成设置。 #### 基本命令介绍 - **`prefetch`**: 用于从远程服务器检索指定实验ID对应的元数据以及序列读取档案(SRA files),可以直接通过网络流传输至本地磁盘或者云端存储位置[^3]。 - **`fasterq-dump`**: 将先前由`prefetch`获得的.SRA格式转换成FASTQ格式以便后续分析流程使用;可以通过参数选项如`--split-files`来控制输出形式。 ```bash # 示例:利用更快的方式导出双端测序结果为fastq文件 fasterq-dump --split-files SRR11180057 ``` #### 进阶应用实例 当涉及到具体应用场景时,比如构建基因组索引以备比对之需,则可以参照类似的操作步骤[^4]: ```bash conda activate wes cd ~/wes_cancer/data gunzip Homo_sapiens_assembly38.fasta.gz time bwa index -a bwtsw -p gatk_hg38 ~/wes_cancer/data/Homo_sapiens_assembly38.fasta cd ~/wes_cancer/project ``` 上述代码片段展示了如何激活特定环境(`wes`)后解压缩参考基因组,并创建BWA所需的索引文件供后续变异检测等工作流调用。
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