mysql和ORTHOMCL_Orthomcl的详细使用

参考了众多文章并结合实际操作后的感想。

Orthomcl需要的linux详细配置，简单叙述。

系统：unix

BLAST

Database：oracle 或 mysql

内存4G，硬盘100G

perl: DBI module 和 DBD-mysql

MCL程序

详细操作过程及需要注意的点：

1.数据库安装和配置

我用的mysql，为避免mysql运行出问题，最好修改mysql配置文件：

1.设置myisam_sort_buffer_size为可用内存的一半

2.设置myisam_max_sort_file_size为orthomclBlastParser程序生成文件similarSequences.txt的5倍大小

3.设置read_buffer_size的值为???，或者尽量大

2.安装MCL

$ ./configure

$ make

$ make install

#注意出现make[] Nothing to be done for '***'

make[] leaving directory '/*/*/***'

不是make错误！make时最好用root权限

3.安装配置Orthomcl software

下载地址 http://orthomcl.org/common/downloads/software/v2.0/ 我下的是orthomclSoftware-v2.0.9.tar.gz

下载完成后解压文件 $ tar -xf orthomclSoftware-v2.0.9.tar.gz，解压完成后包括bin config doc lib 四个文件夹

把bin目录加到环境变量里，方便以后操作

$ vim .bashrc #在~目录下执行此操作

在最后一行加 export PATH=$PATH:/home/abc/.../orthomclSoftware/bin

$source .bashrc

在Orthomcl software主文件夹下创建文件夹my_orthomcl_dir作为工作目录，把/doc/OrthoMCLEngine/Main/orthomcl.config.t