gels imagej 图片处理_图片处理——图片处理工具ImageJ(转)

1、执行ImageJ命令方式，这是一个高层次的方法，像素能够通过调用ImageJ的命令编辑图像：

ImagePlus imp = ...

// Making a binary image

IJ.run(imp, "Convert to Mask", ""); // "" means no arguments

// Resizing, opens a copy in a new window (the 'create' command keyword)

IJ.run(imp, "Scale...", "x=0.5 y=0.5 width=344 height=345 interpolate create title=[Scaled version of " +imp.getTitle() + "]");

...

不论什么ImageJ命令可能被应用。

你能够找出哪些命令来使用，哪些參数通过执行插件，并手动调用的ImageJ打开的图像上的菜单命令。

2、中级层次编辑方式：ImageProcessor(ROIs/selections)

在图像上绘制或填充ROI(感兴趣区域)：

ImagePlus imp = ...

ImageProcessor ip = imp.getProcessor();

// Assuming 8-bit image

// fill a rectangular region with 255 (on grayscale this is white color):

Roi roi = new Roi(30, 40, 100, 100); // x, y, width, height of the rectangle

ip.setRoi(roi);

ip.setValue(255);

ip.fill();

// fill an oval region with 255 (white color when grayscale LUT):

OvalRoi oroi = new OvalRoi(50, 60, 100, 150); // x, y, width, height of the oval

ip.setRoi(oroi);

ip.setValue(255);

ip.fill(ip.getMask()); // notice different fill method

// regular fill() would fill the entire bounding box rectangle of the OvalRoi

// The method above is valid at least for PolygonRoi and ShapeRoi as well.

// draw the contour of any region with 255 pixel intensity

Roi roi = ...

ip.setValue(255);

ip.draw();

// update screen view of the image

imp.updateAndDraw();

3、ROIs的一些事情：

A、有非常多selection/ROI类型：Roi(矩形之中的一个。也是全部其它类型的父类)，Line, OvalRoi, PolygonRoi, PointRoi, FreehandRoi, ShapeRoi, TextRoi。

另外有一些子类型。如PolygonRoi里的POLYGON、POLYLINE 类型。

B、大部分的ROI是用于编辑图像非常实用; 一些用于图像分析(Line。PointRoi。TextRoi)。

C、最强大的ROI是ShapeRoi：java.awt.geom.GeneralPath支持它，它能够存储随意数量的不论什么形状的不连续区域的。

D、ip.fill(ip.getMask())方法是最安全的，可在各种场合使用，仅仅须要检查ImageProcessor的mask通过getMask()返回的不为null。

旋转。翻转和缩放图像(或者ROI)

ImagePlus imp = ...

ImageProcessor ip = imp.getProcessor();

ip.flipHorizontal();

ip.flipVertical();

ip.rotateLeft();

ip.rotateRight();

// rotate WITHOUT enlarging the canvas to fit

double angle = 45;

ip.setInterpolate(true); // bilinear

ip.rotate(45);

// rotate ENLARGING the canvas and filling the new areas with background color

double angle = 45;

IJ.run(imp, "Arbitrarily...", "angle=" + angle + " grid=1 interpolate enlarge");

// scale WITHOUT modifying the canvas dimensions

ip.setInterpolate(true); // bilinear

ip.scale(2.0, 2.0); // in X and Y

// scale ENLARGING or SHRINKING the canvas dimensions

double sx = 2.0;

double sy = 0.75;

int new_width = (int)(ip.getWidth() * sx);

int new_height = (int)(ip.getHeight() * sy);

ip.setInterpolate(true); // bilinear

ImageProcesor ip2 = ip.resize(new_width, new_height); // of the same type as the original

imp.setProcessor(imp.getTitle(), ip2); // UPDATE the original ImagePlus

// update screen view of the image

imp.updateAndDraw();

ImageProcessor类提供了绘制线条、文字和点等。看看在ImageProcessor的API。

4、低层次的编辑方式：像素数组

ImagePlus imp = ...

ImageProcessor ip = imp.getProcessor();

// Editing the pixel array

if (imp.getType() == ImagePlus.GRAY8) {

byte[] pixels = (byte[])ip.getPixels();

// ... do whatever operations directly on the pixel array

}

// Replacing the pixel array: ONLY if same size

if (imp.getType() == ImagePlus.GRAY8) {

int width = ip.getWidth();

int height = ip.getHeight();

byte[] new_pixels = new byte[width * height];

// set each pixel value to whatever, between -128 and 127

for (int y=0; y

for (int x=0; x

// Editing pixel at x,y position

new_pixels[y * width + x] = ...;

}

}

// update ImageProcessor to new array

ip.setPixels(new_pixels);

}

// Replacing the pixel array but of different length: for example, to resize 2.5 times in width and height

int new_width = (int)(ip.getWidth() * 2.5);

int new_height = (int)(ip.getHeight() * 2.5);

ImageProcessor ip2 = ip.createProcessor(new_width, new_height); // of same type

imp.setProcessor(imp.getTitle(), ip2);

if (imp.getType() == ImagePlus.GRAY8) {

byte[] pix = (byte[])imp.getProcessor().getPixels(); // or ip2.getPixels();

// .. process pixels ...

for (int y=0; y

for (int x=0; x

// Editing pixel at x,y position

new_pixels[y * width + x] = ...;

}

}

}

// DON'T forget to update the screen image!

imp.updateAndDraw();

假设要显示的ImagePlus，更新图像仅仅有必须的，