批量下载sra文件linux,Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法

Minus_yao  2018.04.25  yaoguocai_cool@163.com

#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~

方法一：

软件准备：

使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上

Wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.0/sratoolkit.2.9.0-centos_linux64.tar.gz

解压：

tar -zxvf sratoolkit.2.9.0-centos_linux64.tar.gz

添加环境变量

echo'exportPATH=/home/gyao/program/sratoolkit.2.9.0-centos_linux64.tar.gz/bin:$PATH'>> ~/.bashrc

source~/.bashrc

数据列表准备：以ERP005860数据为例，包含314个sra文件，先从NCBI上拿到SRR_Acc_List.txt文件。

下载这个AccessionList文件，里面是314行形如ERR526291的编号