在linux系统下怎么下载sra数据,NCBI sra数据下载软件安装

引用网址：

1.SRA Toolkit 的安装

cd /opt/

wget ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

mv sra.. sratoolkit

cd sratoolkot

#配置sra toolkit

./vdb-config -i

上下可以选择，按回车键选择指定项，当[x]时代表已选中

主要修改存储路径选择[Change] 回车

按TAB键选中【Goto】回车输入指定路径，然后保存退出。注意：所指定的路径大小必须大于100G,不然会出错。

按6键保存 ，按7键退出

下载命令 ：./fastq-dump.2.5.6 SRR167669 -i 输出的为fasq格式

使用sratool下载速度比ftp 快但是没有asprea 快

2.aspre 的安装

安装包在scp root@192.168.8.151:/opt/aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.tar.gz  .

passwd:123.bmk

tar -zxvf aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.tar.gz

sh aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh

安装好以后，会在HOME目录下新建一个叫.aspera的目录，有两个文件比较重要:

一个是ascp的可执行文件:

~/.aspera/connect/bin/ascp

另一个ascp的密钥文件:

~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty

建议将密钥备份到HOME目录下方便使用:

安装好以后，会在HOME目录下新建一个叫.aspera的目录，有两个文件比较重要:

一个是ascp的可执行文件:

~/.aspera/connect/bin/ascp

另一个ascp的密钥文件:

~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty

建议将密钥备份到HOME目录下方便使用:

$ cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/

或者是.putty结尾的文件(试下吧 哪个能下用哪个)

再把aspera-license复制到系统目录

$ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/

再把ascp可执行文件的路径加入PATH变量中，或者将其拷贝到当前目录

或者是.putty结尾的文件(试下吧 哪个能下用哪个)

再把aspera-license复制到系统目录

~/.aspera/connect/etc$ sudo cp aspera-license /usr/local/bin/

再把ascp可执行文件的路径加入PATH变量中，或者将其拷贝到当前目录

export PAHT="/root/.aspera/connect/bin:$PATH

source /etc/profile

测试代码，注意最后有个点，代表下载到当前目录下：

ascp -i /your-path-to/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -QT -l 200m biomarker@ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR102/SRR1025665/SRR1025665.sra  .

passwd:BMK.123.BMK

下载后得到的链接地址如下：

做些修改，把ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov部分都去掉，只剩下文件路径，如下：

3、开始下载：

ascp  -i /your-path-to/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  SRR_Download_List.txt  .

4、用SRA tools把SRA格式转换成fastq

命令： fastq-dump.2.3.5.2 -A SRR*.sra

ascp  -i /your-path-to/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  SRR_Download_List.txt  .

每次都输入密码太麻烦，可以在命令行或.profile中设置ASPERA_SCP_PASS这个环境变量：

export ASPERA_SCP_PASS=你的aspera密码