如何linux下载sra数据,下载sra数据

今天又要开始摸鱼了。记录下下载sra数据的历程。曲折啊。

下载sra files的目的是为了获得相应的fastq或sam files，进而进行分析。

第1选择 -- Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全

注意：Aspera>Sratools>ftp

下载sra数据可以用

#download aspera lastest version：

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz

tar xzvf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh

#install aspera in server:

sh aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh

# add environment variable

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

#密钥备份到/home/的家目录(后面会用，否则报错)

cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/

# check help file

ascp --help

比如下载SRR949627.sra文件

as