community 计算模块度_使用ggClusterNet一条代码计算网络属性和节点性质

本次更新

• 去除对microbiomeSeq的依赖：

  因为这个包目前在github上，bioconductor上的不好用。

写在前面

网络整体属性

-　平均度(Average degree)和平均加权度(Average weighted degree) 对网络整体而言，平均度(average degree)为该网络中所有节点的度的平均值；同样的，平均加权度(average weighted degree)为该网络中所有节点的加权度的平均值。平均度和平均加权度可反映网络整体的连通程度。

对于每个节点的度和加权度的定义，详见“节点和边特征”。

-　距离(Distance)和网络直径(Diameter) 网络图中节点间的“距离”(distance)这一概念，被定义为节点间最短路径的长度(若不存在路径则为正无穷)。这一距离也常被称为“捷径距离”(geodesic distance)，其中“捷径”(geodesic)是最短路径的另一个名字。网络图中最长的距离的值被称为图的“直径”(diameter)。网络直径可反映网络的规模。

• 图密度(Density) 一个图的“密度”(density)是指实际出现的边与可能的边的频数之比，反映了网络的凝聚性特征。

• 聚类系数(clustering coefficient) 相对频率也可以用于定义图中的“聚集性”(clustering)概念，反映了网络的凝聚性特征。

• 图分割(graph partitioning)和模块度(Modularity) 图分割(graph partitioning)问题在复杂网络方面的文献中也常被