做折线图位置引用无效_【R绘图】rRNA深度折线图

紧接着之前的文章【如何去除核糖体RNA（rRNA）序列？】中，使用比对到rRNA上的bam文件，进行样本rRNA深度折线图的绘制。

Kevin.Lau：【生信】【转录组】如何去除核糖体RNA（rRNA）序列？​zhuanlan.zhihu.com

在文章中，bowtie2比对后，同时得到了：

1. *rRNAremoved.fq.1.gz和*rRNAremoved.fq.2.gz
2. *Map2rRNA.bam

其中2就是样本中核糖体RNA序列的bam文件，我们可以看看样本中不同的rRNA的深度如何分布，所谓“一图胜前言”，于是，尝试绘制其深度折线图。

首先，在【如何去除核糖体RNA（rRNA）序列？】一文中，提取了rRNA的参考序列之后，如果要做这个折线图，建议直接在参考序列fa文件中修改各个rRNA的id信息行，再进行bowtie2去除rRNA，便于后续的制图。

rRNA原始id，没办法直接看出对应的序列是哪种rRNA，因为bowtie2中会将id信息体现在bam中，对原始id进行修改：

cat GCF_000001405.25_GRCh37.p13_rna_from_genomic.fna | grep "^>" | grep "gbkey=rRNA" | awk '{print $1}'|less -S

>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023363.1_7456
>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023364.1_7457
>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023365.1_7458
>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023366.1_7459
>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023367.1_7460
>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023368.1_7461
>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023369.1_7462
>lcl|NC_000001.10_rrna_NR_023370.1_7463