qsub 指定节点_PBS,QSUB常用命令

1、后台提交作业qsub

语法: qsub [-a date_time] [-A account_string] [-e path] [-h] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-n Node_allocation_Method [-L v1,[v2,[v3,[v4]]]]] [-M user_list] [-N name] [-o path] [-p priority] [-q pool] [-r y|n] [-u user_list] [-v variable_list] [-V] [script]

参数: script参数被省略时，该命令可以从标准输入获得脚本文件名。

-a 间。格式为[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]。CC表示世纪，YY表示年(后两位数字)，MM表示月(两位数字)，DD表示天(两位数 字)，hh表示小时(两位数字)，mm表示分(两位数字)，SS表示秒(两位数字)。如果DD指定的是未来日子，而未指定MM，则MM缺省值为当前月，否 则，MM的缺省值为下个月。如果hhmm指定的未来时间，而未指定DD,则DD的缺省值为当天，否则，DD的缺省值为明天。如果提交作业时使用该选项，当 指定时间还没到时，作业状态显示为”W”。

-e 指定错误输出文件名，格式为[hostname:]path_home。Hostname是返回错误输出文件的主机名，path_home是错误输出文件 的绝对路径，如果指定了相对路径，则相对用户的主目录。不使用该选项时，缺省值是在用户主目录下，以“作业名.e作业ID”命名的文件

-o 指定输出文件名，格式为[hostname:]path_home。缺省值是在用户主目录下，以“作业名.e作业ID”命名的文件

-h 指定在提交作业时，设置用户级’u’挂起。如果不指定，则设置挂起类型为’n’,即不挂起。

-I 指定作业以交互方式运行。

-j 指定合并错误输出和实际输出。如果指定’oe’，则合并到标准输出文件中；如果指定’eo’，则合并到标准错误输出文件中.

-k 指定执行主机是否保留错误输出和实际输出。如果指定‘o’,则仅保留标准输出；如果指定’e’，则仅保留标准错误输出；如果指定’oe’或‘eo’,则保留标准输出和标准错误输出；如果指定’n’,则不保留任何输出。

-l 指定作业所需要的资源，设定对可消耗资源的限制。如果不设置，则无限制。例如： resource_name[=[value]][,resource_name[=[value]],…]

LINUX系统可以设置的资源有cput, file, pcput, pmem, pvmem, vmem, walltime, arch, nodes, ncpus等；

Cput指作业的所有进程使用cpu最长时间；

File指作业可以建立单个文件大小的最大限制；

Pcput指作业的单个进程可以使用CPU的最长时间；

vmem指作业可以使用的物理内存的最大值；

Pmem指作业的单个进程可以使用的物理内存的最大值；

Pvmem指作业的单个进程可以使用的虚拟内存的最大值；

walltime指作业处于运行状态的最长时间；

arch 指定系统管理员所定义的系统结构类型；

host指定作业运行的主机名；

nodes指定作业独占使用的结点数目和属性，使用“+”可以连接多种结点的定义。

结点的属性和主机名或数目之间通过“：”分隔。如果不指定结点数，则缺省为1。结点的属性包括ppn(每个结点上的进程数,缺省为1)和系统管理员设置的属性(如batch、bigmem)

例如：请求12个结点，不管其属性

-l nodes=12

请求12个属性为batch的结点和14个属性为bigmem的结点

-l nodes=12:batch+14:bigmem

请求4个结点，每个结点上使用2个CPU

-l nodes=4:ppn=2

software 指作业要求的软件包

-m 定义何时给用户发送有关作业的邮件。可设定的选项有：

n 不发送邮件

a 当作业被批处理系统中断时，发送邮件

b 当作业开始执行时，发送邮件

e 当作业执行结束时，发送邮件

-M 指定发送有关作业信息的邮件用户列表。格式为user[@host][,user@[host],…]缺省值为提交作业的用户。

-N 指定作业的名字。缺省值为脚本的名字，如果没有指定脚本，则为STDIN。

-p 指定作业的优先级，优先级的范围是[-1024, +1023]。缺省值是没有优先级。

-q 指定作业的目的地(结点池)，目的地可有三种格式：

pool

@server

pool@server

-r y|n 指定作业是否可重新运行。指定‘y’时，作业可以重新运行；指定’n’时，作业不能重新运行。缺省值为’n’。

-v 格式为variable1,variable2,…或variable1=value,variable2=value,…这些变量和其值可以传递到作业中。

-V 指定qsub命令的所有的环境变量都传递到批处理作业中。

作用: 以脚本文件的形式向批处理服务器提交作业。

举例:

运行MPI程序的脚本cpi.ljrs如下：

#!/bin/sh

### Job name

#LJRS -N test

### Declare job non-rerunable

#LJRS -r n

### Output files

#LJRS -e test.err

#LJRS -o test.log

### Mail to user

#LJRS -m ae

### pool name (small, medium, long, verylong)

#LJRS -q dque

### Number of nodes (node property ev67 wanted)

#LJRS -l nodes=8:batch

# This job’s working directory

echo Working directory is $LJRS_O_WORKDIR

cd $LJRS_O_WORKDIR

echo Running on host ‘hostname‘

echo Time is ‘date‘

echo Directory is ‘pwd‘

echo This jobs runs on the following processors:

echo ‘cat $LJRS_NODEFILE‘

# Define number of processors

NPROCS=‘wc -l < $LJRS_NODEFILE‘

echo This job has allocated $NPROCS nodes

# Run the parallel MPI executable “a.out”

mpirun -v -machinefile $LJRS_NODEFILE -np $NPROCS cpi

1、把脚本文件cpi.ljrs提交到结点池dque中运行。

$ qsub cpi.ljrs

35.console

$ qstat

Job id Name User TimeUse S Pool