【学习笔记】医学图像文件存储的格式及Python中的读取方式

1、nii 和 nii.gz 文件

使用nibabel模块，使用 pip install nibabel 安装，读取出来的图像第三个维度在最后边，不知为啥（就是w，h，d），不喜欢这种。所以另外一种办法是 SimpleITK 模块，读取出来的维度是（d， w，h）

例子：

import nibabel as nib
path = ''
image = nib.load(path).dataobj
print(image[:, :, 100].shape)
print(type(image[:, :, 100]))

import SimpleITK as sitk
path = ""    
data = sitk.ReadImage(path)
image = sitk.GetArrayFromImage(data)
print(image.shape)

2、dcm文件

使用pydicom模块，使用 pip install pydicom 安装

例子：

import pydicom
path = ''
image = pydicom.read_file(path).pixel_array
print(image.shape)

3、h5 文件

使用h5py模块，使用 pip install h5py 安装

import h5py
path = ''
h5f = h5py.File(path, mode='r')
images = h5f['image']
labels = h5f['label']
print(images.shape, labels.shape)

4、tif 文件

5、nrrd文件

使用 pip install  pynrrd 安装

import nrrd
path = ""
image, options = nrrd.read(path)
print(image.shape)

6、mhd文件和raw文件

import SimpleITK as STK

path = ".mhd" # 文件路径是mhd文件路径
data = STK.ReadImage(path)
image = STK.GetArrayFromImage(data) # 获取图像

还没用到tif的文件