lammps python3 shlib_(番外1)自带python小工具

0.目录

以下文件均在lammps/tools/python下dumpsort.pysort the snapshots of atoms in a LAMMPS dump file by atom ID

log2txt.pyconvert thermo info in a LAMMPS log file to columns of numbers按照readme里的说法，讲道理仅仅需要修改一下.py文件，把依赖模块添加到系统路径里就可以了。但是偏偏不讲道理。所以另一种解决方案是在/tools/python/pizza 文件夹下自己创建一个文本文档，命名为【__init__.py】(两个英文下划线init两个英文下划线.py)里面什么都不用写，这样就可以把pizza文件夹作为一个库来使用。再打开.py文件，注释掉

#path = '~/Lammps/lammps-16Mar18/tools/python/pizza' #注释掉

#sys.path.append(path)#注释掉

from pizza.dump import dump#添加这一行，pizza.什么根据py文件来改

##################可能由于每个人电脑不同不一定能work，有问题私信我################

1.对dump数据排序

在多核并行的情况下，lammps dump出来的数据是乱序的，为了后续的处理，得排一下序。

控制台输入：

dumpsort.py oldfile N newfile

oldfile ：待处理文件

N ：以第几行为标准排序

newfile ：新文件名

2.提取log中的行数据

log中数据很杂，想提取出比如密度体积之类的再处理可以用这个程序

控制台输入：

log2txt.py log.lammps data.txt X Y ...

log.lammps ：待处理文件

data.txt 新文件名

X Y ... ：(可选)列名，thermo的关键词。如果不填将提取出所有列