graphpad7.04多组比较p值_多组学分析怎么发12分的Nature子刊？

文献精读（多组学联合分析）：Integrative analysis of genomic and epigenomic regulation of the transcriptome in liver cancer

文章关键词：肝癌，DNA甲基化，组蛋白修饰，转录组

近年来联合多组学分析已经成为表观领域的研究热点，利用单一组学数据分析致病因子的局限性愈发显著。通过多组学联合分析将有助于人们更加系统全面的认识肿瘤的生物学行为，进一步为寻找有价值的肿瘤标志物和相关机制提供新的线索。这篇NC文章聚焦在了肝癌这个肿瘤上面，看看多组学分析能够得到什么有意思的发现呢？

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一：Summary

作者从以转录组的数据入手，结合基因组数据和表观数据进行差异分析。看能否找到与肝癌的发生发展密切相关的异常基因或者是通路。

主要研究思路和结论是：

1.分析64个肝癌病人样本中，通过寻找DNA甲基化（MET cor）和DNA拷贝数变异（CNV cor）差异表达基因，并且证明了异常的MET cor和CNV cor的基因有些显著的共调控作用.

2.进一步研究，能否根据 MET cor和CNV cor进行肝癌分型，将已有的肝癌样本分为三个亚型。并且在TCGA数据库中进行验证（NMF算法）

3.筛选对HCC侵袭性影响最大的基因变异BAP1，对肿瘤的侵袭有着至关重要的作用，而且在 Huh7细胞转染实验进行验证

带着问题去思考：
1：为什么选择肝癌？
2：作者是找到这些异常的DNA甲基化基因和拷贝数变异的基因的？
3：如何去如何起证明这些基因的共调控作用呢？既然共调控，调控机制是什么？（或者是说如何去联系DNA甲基化和拷贝数变异的？）
4：对肝癌进行分型是如何分的？分类结果如何显示呢？怎么验证?
5：如何筛选功能最显著表达差异的基因（如何筛选到BAP1?）

二：Introduction

1：DNA甲基化和拷贝数变异发生在肿瘤的侵袭中

2：肝癌是重大公共卫生问题，中国尤甚；同时对于肝癌来说，基因组和表观组的异质性大，简单介绍一下今天的主角：肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma， HCC），全球恶性癌症死因“恶名榜”第二。中国是HCC的重灾区，不仅“贡献”50%的全球HCC新发和死亡病例，且平均年龄55-59岁比国外HCC低发国家早近20年。[1,2,3]

3：在之前的研究中，一些癌症相关的基因通过DNA甲基化去发挥功能作用，如 IGF2 UHRF1这些基因。

4：转录受到DNA甲基化和拷贝数变异的影响，既然都可以影响转录，那么他们之间有没有协同作用呢？这方面的研究还不是很清楚。

5：一共用了64个肝癌的CNV,MET,EXP样本信息。

三：Result

3.1 Transcriptome deregulation by DNA copy number or methylation

(DNA甲基化和拷贝数变异会导致转录失调)