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当转录组研究的样本分组超过2组时,由于差异表达基因的识别只能针对两组样本,因此,只通过差异表达基因无法分析整体上的基因表达变化规律,此时可以通过表达模式聚类将基因按照其在不同样本中的表达变化规律进行归类,进而推测其与特定功能的可能联系。
表达模式聚类热图
以各样本中基因的表达量绘制热图,在图中每列表示一个样本,每行表示一个基因,图中的颜色的深浅表示基因在该样本中的表达量。
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图像左侧的聚类数表示各个基因在所有样品中表达规律的相似性,在聚类中分支越近的基因,其表达量的变化规律就越接近,同一聚类模式的基因可能具有相同或相关的功能。
表达模式聚类折线图
表达模式聚类折线图的绘制过程如下:首先根据基因在不同样本中的表达量将其分为多个subcluster,之后每个subcluster分别进行绘图,图像中x轴代表不同的样本,y轴为各个基因表达量的对数值。