MATLAB画聚类热图,聚类热图,你用什么软件画?

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聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式,在文章中出现的频率非常高,一般来说,这张图的每行对应一个基因,每列对应一个样本,行和列形成的是基因数*样本数的表格,接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。颜色的设置有很多种,一般常见的是上图中的红绿搭配,还有蓝黄、彩虹色等等。

在前面的文章(文章篇)S4E10: 手把手教你用R绘制聚类热图(含代码和注释)和安利一个含有多个神器的神奇网站两篇文章中,依凡和怪阿姨分别为我们介绍了如何使用R语言和网页版Heatmap Illustrator绘制聚类热图,下面我们再为大家介绍一个工具:MeV(Multiple ExperimentViewer)。

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MeV的下载网址:https://sourceforge.net/projects/mev-tm4/files/mev-tm4/

我们用MeV的最新版本4.9.0来演示,用到的数据是依凡在用R语言绘制的时候用到的数据,数据和代码下载链接:http://pan.baidu.com/s/1eRKmzuE 密码:be2i

软件下载后直接打开Mev.exe软件:

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接下来我们导入数据,用的文件是百度盘里面的heatmap_example.txt,我们选择file-load data后跳出下面的页面:

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我们看到数据已经导入了,数据时miRNA的表达谱数据,一共有2组,每组4个样本,共8个样本,我们单击load后就生成了下面的图片:

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这样热图就做好了,解析来我们进行聚类,选择左上角的Clustering,我们看到这里的聚类方法包括分层聚类(Hierarchical Clustering),Tree EASE,自组织映射,k-means聚类等等

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我们今天用到的是第一个分层聚类HCL,所以选择第一个:

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这里我们既进行基因,又进行样本的聚类,距离计算按照欧式距离来计算,选好后单击OK:

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我们看到在左侧多出了HCL的选项,单击后右侧就显示了聚类好以后的结果:

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大的框架已经有了,但是还需要调整下大小等:

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如图,在Display里面,选择Set Element Size后右侧选择图片大小,也可以选择Custom我们自己来设置大小:

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这样就好了,不过结果跟依凡的聚类结果不同:

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主要是样本之间聚类的不同,我们换种计算距离的方式,用Pearson相关系数聚类,就把对照组和实验组区分开了。

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当然,我们看到MeV还有很多非常强大的用法,比如寻找显著差异基因的SAM分析,生存分析,one/two way ANOVA等等:

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以及相关性网络(Network)、PCA主成分分析等等

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我们以后慢慢为大家讲。

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