Manually changing Affine Matrix(手动修改affine matrix， spm/fsl/ants)

最新推荐文章于 2022-10-28 17:24:14 发布

可爱的小垃圾

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分类专栏： Shell matlab 解剖

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_37724055/article/details/118475024

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这篇博客讨论了在进行配准或模拟运动时如何手动生成或修改affine matrix。针对spm、fsl和ants三个不同的工具，文章详细介绍了每个工具中修改affine matrix的方法。在ants中，由于matlab和itk格式的不兼容性，作者遇到了问题，但通过ants的ConvertTransformFile函数解决了这个问题，将mat文件转换为txt格式进行修改，并使用antsApplyTransforms成功应用。

摘要由CSDN通过智能技术生成

在做配准或者模拟motion 运动的时候我们可能会需要自己generate 或者改变motion parameters or affine matrix.

spm
对于用spm获得的配准矩阵，可以是自己存的是txt的格式，因为自己存，自己再一次load,所以修改不是问题。
fsl
对于fsl获得的affine matrix，是.mat文件格式，在Matlab里面load 出来修改变量，再一次save，再-applyxfm是可以用的，没有问题。
ANTs
对于ants来说，问题就复杂很多了。ANTs配准是自动生成的prefix0GenericAffine.mat.
这个文件看起来是个.mat,可以按照.mat读，但是问题就在于这个如果想自己修改之后再存一个一摸一样的.mat给ansapplyTransforms用时却会报错。
错误信息如下：

 Transform reader for ref2subj1_Change_0GenericAffine.mat caught an ITK exception:
 
 itk::ExceptionObject (0x5573e57962c0)
 Location: "unknown" 
File: ANTs/build/ITKv5/Modules/IO/TransformBase/src/itkTransformFileReader.cxx
Line: 144
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