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mac terminal 免密连接服务器
mac terminal 免密连接服务器原创 2022-08-16 10:49:45 · 397 阅读 · 0 评论 -
Linux查看Nvidia显卡信息及使用情况
Linux查看Nvidia显卡信息及使用情况:nvidia-smi原创 2021-11-02 13:47:56 · 1143 阅读 · 0 评论 -
Manually changing Affine Matrix(手动修改affine matrix, spm/fsl/ants)
在做配准或者模拟motion 运动的时候我们可能会需要自己generate 或者改变motion parameters or affine matrix.spm对于用spm获得的配准矩阵,可以是自己存的是txt的格式,因为自己存,自己再一次load,所以修改不是问题。fsl对于fsl获得的affine matrix,是.mat文件格式,在Matlab里面load 出来修改变量,再一次save,再-applyxfm是可以用的,没有问题。ANTs对于ants来说,问题就复杂很多了。ANTs配准是自动原创 2021-07-05 04:49:52 · 504 阅读 · 0 评论 -
MRI-reconstruction, BART 安装问题
1,下载BART的文件(link)a,命令行下载 $ sudo apt-get install make gcc libfftw3-dev liblapacke-dev libpng-dev libopenblas-dev $ wget https://github.com/mrirecon/bart/archive/vX.Y.ZZ.tar.gz要是命令行下载不行(我就遇到了),直接手动下载b,手动下载2,解压,make $ tar xzvf vX.YY.ZZ.tar.gz $ cd ba原创 2021-06-25 14:16:09 · 853 阅读 · 4 评论 -
matlab调用fsl和ants做配准的例子,非常好用,可以可视化结果,更好做批处理。
% Example of matlab registration using fsl and antsin_file_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020014.nii';ref_file_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020486.nii';out_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020014registration2sub原创 2021-06-11 17:54:13 · 1115 阅读 · 0 评论 -
version `GLIBCXX_3.4.26‘ not found问题解决方案
场景:Matlab下面用unix语言运行ants的代码。Error info:/opt/ANTs/bin//antsRegistration: /usr/local/MATLAB/R2019a/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /opt/ANTs/bin//antsRegistration) /opt/ANTs/bin//antsRegistration: /usr/local/M原创 2021-06-11 16:56:32 · 5810 阅读 · 0 评论 -
vim简单使用流程,包教包会,打开->输入->保存退出
vim很难用,主要还是因为和我们普通的文本编辑器习惯差很远。简单使用流程,包教包会1,通过vim /etc/frofile 进入后,2,按 i 字母进入插入(insert)状态,开始编辑2,写完之后需要保存退出先按esc键,退出插入模式3,然后按住shift键,并连按两次z字符,即可保存刚才的编辑并退出vim编辑状态!!!...原创 2021-06-11 15:19:21 · 489 阅读 · 0 评论 -
yum安装之后,输入yum遇到-bash: /usr/bin/yum: Permission denied
百分之八十的Permission denied都是没有文件使用权限。用下面的代码可以解决:chmode -R 777 '/usr/bin/yum'要是这个代码解决不了就是终极大法sudosudo chmode -R 777 '/usr/bin/yum'原创 2021-06-11 14:03:36 · 2880 阅读 · 0 评论 -
Linux 下文件read-only的快速解决办法,一劳永逸
当我们在不同的端口连接服务器,难免打开很多文件,但是很多时候都没有很好的关闭文件。这个时候另一个端口或者同一个端口下次再打开这个文件想要修改,文件上就会出现一个大大的read-only,这样就修改不了。网上有很多解决办法,我觉得这个办法算是一劳永逸的。chmod 666 test.txt然后再打开test.txt ,read-only就消失了,就可以愉快的修改了。...原创 2021-06-11 13:33:43 · 1897 阅读 · 0 评论 -
linux-dcm2nii处理DTI dicom转nii,获得bval和bvec
dcm2nii这个函数是将医学图像中的dicom格式转换为nii格式的,但是要注意,如果我们想要更多的信息,比如说DTI,处理需要另外两个文件(bval和bvec)option就不能用o,而是应该用adcm2nii -a filepath原创 2021-03-24 19:02:16 · 2597 阅读 · 0 评论 -
Shell-变量赋值不要加空格
用惯了matlab, R,或者python,我们会习惯在变量在等号变量赋值的时候等号前面加上空格,以便代码可读性更强。比如下面的R代码和结果但是在写shell脚本的时候PATH_O = "ncdhb/cbu/bh"会报错:line 1: PATH_O: command not found这样写代码就能正确找到文件位置了:PATH_O="ncdhb/cbu/bh"...原创 2020-11-18 14:30:59 · 800 阅读 · 0 评论