matlab
可爱的小垃圾
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Visual Studio code run matlab code
Visual Studio code是最好用的写代码的软件!把这句话打在公屏上。简单介绍一下自己常用的工作方式:服务器Linux->matlab。写Matlab的人最喜欢用图形界面,毕竟傻瓜式debug,真的香。但是要想远程连接上服务器的Matlab的图形界面,往往比较卡。我的理解是,需要远程传的东西太复杂了,所以变卡了。这个时候,我了解到Visual Studio code可以边写代码边run,调试就是看不到图片,其它的error information跟图形界面一样。我觉得这个方法可原创 2022-04-18 20:37:36 · 514 阅读 · 0 评论 -
Matlab-快速找到文件位置并且复制
matlab-文件位置原创 2022-04-05 20:54:57 · 924 阅读 · 0 评论 -
matlab数据类型single vs double
single vs double今天在做小波变换,将数据wavelet transform再反变换回来,发现无法完全恢复。debug了很久,发现问题出在我的数据类型是single,换成double就没有问题了。所以注意,在进行一些复杂运算的时候,记住数据类型一定要记得换成double,否则就会出错。我觉得原因是因为single是八位,精度不够进行复杂运算吧,会产生溢出问题。反正切记,复杂运算之前看看自己的数据类型。或者并不需要那么麻烦,一般我们的复杂运算都是放在写好的函数里面,只要将函数的输入的原创 2021-11-18 15:52:59 · 3509 阅读 · 0 评论 -
Matlab-图片上画线
imshow(x)plot([x1,x2],[y1,y2],‘Color’,‘r’,‘LineWidth’,5)point1 = [x1,y1];point2 = [x2,y2];原创 2021-09-27 10:47:17 · 3207 阅读 · 0 评论 -
2021-09-16画图色卡
给paper画图的时候,总是会遇到配色的问题。Matlab自带的各种颜色,r, b,g等等,太单调了。如果想要自己配色,可以考虑下面的额色卡。原创 2021-09-19 10:21:42 · 200 阅读 · 0 评论 -
Matlab figure的position的参数的意义
figure(‘position’, [left, bottom, width, height])原创 2021-09-07 11:49:57 · 2811 阅读 · 0 评论 -
在Matlab/Octave上使用bart
在Matlab/Octave上使用bartsensitivities = bart('ecalib', kspace);image_out = bart('pics -l1 -r0.001', kspace, sensitivities);-l1 表示用wavelet L1 regularizer不写-l1,会直接用L2 regularizer原创 2021-07-05 10:35:59 · 171 阅读 · 0 评论 -
Manually changing Affine Matrix(手动修改affine matrix, spm/fsl/ants)
在做配准或者模拟motion 运动的时候我们可能会需要自己generate 或者改变motion parameters or affine matrix.spm对于用spm获得的配准矩阵,可以是自己存的是txt的格式,因为自己存,自己再一次load,所以修改不是问题。fsl对于fsl获得的affine matrix,是.mat文件格式,在Matlab里面load 出来修改变量,再一次save,再-applyxfm是可以用的,没有问题。ANTs对于ants来说,问题就复杂很多了。ANTs配准是自动原创 2021-07-05 04:49:52 · 477 阅读 · 0 评论 -
Matlab怎么从table变成matrix
有的时候table比较好循环存储不同的数据,但是在后续操作中可能需要转换成矩阵更好操作。table2array(test)原创 2021-06-25 15:31:37 · 36472 阅读 · 5 评论 -
MRI-reconstruction, BART 安装问题
1,下载BART的文件(link)a,命令行下载 $ sudo apt-get install make gcc libfftw3-dev liblapacke-dev libpng-dev libopenblas-dev $ wget https://github.com/mrirecon/bart/archive/vX.Y.ZZ.tar.gz要是命令行下载不行(我就遇到了),直接手动下载b,手动下载2,解压,make $ tar xzvf vX.YY.ZZ.tar.gz $ cd ba原创 2021-06-25 14:16:09 · 773 阅读 · 3 评论 -
MRI-reconstruction, BART
Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART)包含了用线圈灵敏度估计和包含并行成像和压缩感知的欠采样MR图像重建的标准方法的方法的实现。对于高MRI重建的人来说,十个很好的软件工具包。同时可以手撕源代码,根据自己的目标函数,写代码。1,loss function是矩阵error求和的代码实现方法2,1-norm constraint怎么实现(L1-norm minimization using non linear conjugate gradien原创 2021-06-25 10:39:27 · 791 阅读 · 0 评论 -
Matlab 修改save mat文件的version
代码或者设置都可以(推荐使用设置,一劳永逸,不要难过每次save的时候都要标明mat的version)代码实现:Save(filename,Vars,'-v7.3')设置home->Preeference(⚙️)->General(通用)->MAT-File把自己想要存的version选上。一般使用v7.3,因为可以存超大数据。...原创 2021-06-22 18:41:26 · 1054 阅读 · 0 评论 -
Matlab-函数xor判断两个变量内的逻辑值是否一样
用处:数组之间的逻辑判断使用方法:test1 = logical([1,0]);test2 = logical([0,1]);xor(test1,test2);运行结果原创 2021-06-22 10:18:27 · 720 阅读 · 0 评论 -
matlab-clearvars 删除工作区变量函数
用处:删除Matlab 工要作区里的变量使用场景:当我们需要循环使用某个临时变量名时,最好把变量清除一下,以防出现未知的错误。用法:1,删除某个变量clearvars VAR1 VAR22,删除特定索引的变量,比如删除t开头的所有变量tesu= 7980;clearvars t*3,删除所有变量clearvars -GLOBAL4,删除除某些变量意外的所有变量clearvars -EXCEPT VAR1 VAR2...原创 2021-06-21 18:27:15 · 4685 阅读 · 0 评论 -
matlab-whos函数用法
总结matlab 函数whos的几个用法1,列出变量的信息,size,memorytest = zeros([72,72,56]);whos test运行结果:应用场景:当我们需要定义一个很大的matrix,但是我们又不知道这个matrix会不会超过我们系统的memory的时候,可以先用这个函数,测试一下自己这个matrix的大小,有个数知道自己会不会因为内存过大报错。当然也可以知道自己数据到底有多大,回不回出现占用99%内存让自己和别人(服务器上)都卡死的情况。2,获得整个工作区所有的原创 2021-06-21 12:50:19 · 3480 阅读 · 0 评论 -
matlab调用fsl和ants做配准的例子,非常好用,可以可视化结果,更好做批处理。
% Example of matlab registration using fsl and antsin_file_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020014.nii';ref_file_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020486.nii';out_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020014registration2sub原创 2021-06-11 17:54:13 · 1040 阅读 · 0 评论 -
Matlab-rmdir函数无法删除文件夹解决方案
filepath='xdc/xdef/xe'rmdir(filepath)报如下错误大概率是因为没有操作权限,所以使用下面的代码即可:filepath='xdc/xdef/xe';rmdir(filepath,'s’);注意,s慎用,确认自己真的要删除某个文件之后再用s删除。...原创 2021-03-24 19:55:21 · 2159 阅读 · 0 评论 -
Matlab 函数-copyfile
复制文件或文件夹copyfile(source,destination)source和destination都是自负变量。要复制的文件或文件夹,指定为字符向量或字符串标量。要复制多个文件或文件夹,请使用通配符 (*)。这一点很重要,要想实现复制的是整个文件夹而不是文件夹下面的所有文件,一定在名字前面加上✳️。...原创 2021-01-27 16:34:08 · 3620 阅读 · 0 评论 -
matlab函数-fullfile-将字符合并成路径
作用:将字符合并成路径,会自动添加“/”;相比于[]合并字符生成路径的优点就是不需要手动输入“/”或者“\”。我们知道Linux下面和window下面路径中的间隔是不同的,如果使用[]需要输入“/”或者“\”,会让代码的移植性变差。示例:testpath = 'home/test';test = fullfile(testpath,'test.png');...原创 2020-11-22 14:06:59 · 4477 阅读 · 0 评论