title: U-Net与胰腺分割学习(1)
date: 2020-08-29 08:15:02
tags:
- CNN
- 前馈神经网络
- 图像识别
- U-Net
- 胰腺分割
categories: - 医学图像处理与医学软件
TCIA (The Cancer Imaging Archive)
TCIA是一个包含常见肿瘤(肺癌、前列腺癌等)医学图像及相应临床信息(治疗方案细节、基因、病理等)的大规模公用数据库,其影像模态包括MRI、CT等,图像格式均为DICOM,并且网站内数据在持续增加。所有数据都是由TCIA整理并管理。
网址:http://www.cancerimagingarchive.net/
通过点击Download下载,在电脑上得到后缀名为’.tcia’的文件,注意该文件必须通过‘NBIA DATA Retriever’软件打开,打开后就可以通过选择保存路径,开始下载数据集;(需要VPN)
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-foJhm3wK-1642241531467)(/images/image-20200829081625498.png)]
管理conda
conda添加到环境变量
1. 验证conda已被安装
conda --version
2. 获取当前环境中已安装的包信息
conda list
Python包安装错误的解决办法
EnvironmentNotWritableError: The current user does not have write permissions to the target environment.
environment location: C:\ProgramData\Anaconda3
无法写入错误:当前的用户没有写入到该路径文件的权限
以管理员身份启动Anaconda(Anaconda Navigator或者Anaconda Prompt)
安装Pydicom
conda install -c conda-forge pydicom
安装完毕
ImportError:通过“import dicom”的Pydicom已经在Pydicom 1.0版本中被删除,请安装dicom包来恢复依赖于Pydicom 0.9的代码的功能或更早。例如,pip install dicom交替,大多数代码可以轻松转换为pydicom>1.0通过改变import 1ines从import dicom到import pydicomiSee过渡指南
pip install dicom
DICOM转换为Numpy数组数据
python dicom2npy.py
执行Python文件
import numpy as np
import os
import pydicom
N = 82
W = 512
H = 512
path1 = 'DOI'
path2 = 'images'
if not os.path.exists(path2):
os.makedirs(path2)
for n in range(N):
volumeID = '{:0>4}'.format(n + 1)
# 宽度 :后带填充的字符 0001~0082
print ('Processing File ' + vo