U-Net与胰腺分割学习（1）

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title: U-Net与胰腺分割学习（1）
date: 2020-08-29 08:15:02
tags:

• CNN
• 前馈神经网络
• 图像识别
• U-Net
• 胰腺分割
  categories:
• 医学图像处理与医学软件

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TCIA (The Cancer Imaging Archive)

TCIA是一个包含常见肿瘤（肺癌、前列腺癌等）医学图像及相应临床信息（治疗方案细节、基因、病理等）的大规模公用数据库，其影像模态包括MRI、CT等，图像格式均为DICOM，并且网站内数据在持续增加。所有数据都是由TCIA整理并管理。

网址：http://www.cancerimagingarchive.net/

通过点击Download下载，在电脑上得到后缀名为’.tcia’的文件，注意该文件必须通过‘NBIA DATA Retriever’软件打开，打开后就可以通过选择保存路径，开始下载数据集；(需要VPN)

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-foJhm3wK-1642241531467)(/images/image-20200829081625498.png)]

管理conda

conda添加到环境变量

1. 验证conda已被安装

conda --version

2. 获取当前环境中已安装的包信息

conda list

Python包安装错误的解决办法

EnvironmentNotWritableError: The current user does not have write permissions to the target environment.
environment location: C:\ProgramData\Anaconda3

无法写入错误：当前的用户没有写入到该路径文件的权限

以管理员身份启动Anaconda（Anaconda Navigator或者Anaconda Prompt）

安装Pydicom

conda install -c conda-forge pydicom

安装完毕

ImportError:通过“import dicom”的Pydicom已经在Pydicom 1.0版本中被删除，请安装dicom包来恢复依赖于Pydicom 0.9的代码的功能或更早。例如，pip install dicom交替，大多数代码可以轻松转换为pydicom>1.0通过改变import 1ines从import dicom到import pydicomiSee过渡指南

pip install dicom

DICOM转换为Numpy数组数据

python dicom2npy.py

执行Python文件

import numpy as np
import os
import pydicom


N = 82
W = 512
H = 512
path1 = 'DOI'
path2 = 'images'
if not os.path.exists(path2):
    os.makedirs(path2)

for n in range(N):
    volumeID = '{:0>4}'.format(n + 1)
    # 宽度 ：后带填充的字符 0001~0082
    print ('Processing File ' + vo