细思极恐——R语言forestplot包画meta分析群体药动学常用森林图
今天,笔者想分享一下最近科研作图的经历,最主要的就是用于群体药动学模型建立的森林图,其百度百科定义为:
森林图是以统计指标和统计分析方法为基础,用数值运算结果绘制出的图型。它在平面直角坐标系中,以一条垂直的无效线(横坐标刻度为1或0)为中心,用平行于横轴的多条线段描述了每个被纳入研究的效应量和可信区间(confidence interval,CI),用一个棱形(或其它图形)描述了多个研究合并的效应量及可信区间。
这里我们尝试用Rstudio进行作图,脱离传统GraphPad, Origin等工具(Data Science No.1)
library(tidyverse)
library(forestplot)
library(readxl)
导入tidyverse框架,这里主要用dplyr, tibble这两个包,readxl用于读入Excel文件,forestplot包是集成森林图的作图包,最主要函数就是forestplot,可用以下命令查看帮助文档:
?forestplot
vignette("forestplot")
博客中使用的数据为自己的模拟数据,过程如下,实际操作过程中用NONMEN等专业软件的生成数据:
# simulation data
simulation <- tibble(rnorm(20, 8, 1), rnorm(20, 6, 2),
rnorm(20, 7, 1.5), rnorm(20, 9, 3),
rnorm(20, 0.3, 0.03), rnorm