PseAAC(Pseudo Amino Acid Composition)是一种用于蛋白质序列特征提取的方法,它将蛋白质序列表示为一组伪氨基酸组成。下面是一个简单的Python代码示例,用于计算PseAAC特征:
```python
import numpy as np
def calculate_pse_aac(sequence, k=1, lamda=10, weight=0.5):
# 定义20种氨基酸的属性
amino_acids = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'
properties = {
'A': [1.0, 0.0, 0.0, 0.0],
'C': [0.0, 1.0, 0.0, 0.0],
'D': [0.0, 0.0, 1.0, 0.0],
'E': [0.0, 0.0, 1.0, 0.0],
'F': [0.0, 0.0, 0.0, 1.0],
'G': [1.0, 0.0, 0.0, 0.0],
'H': [0.0, 1.0, 1.0, 0.5],
'I': [1.0, 1.0, 0.0, 1.0],
'K': [0.0, 1.0, 1.0, 1.0],
'L': [1.0, 1.0, 0.0, 1.0],
'M': [1.0, 1.0, 0.0, 0.0],
'N': [0.0, 0.0, 1.0, 0.0],
'P': [0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
'Q': [0.0, 0.0, 1.0, 0.0],
'R': [0.0, 1.0, 1.0, 1.0],
'S': [0.0, 0.0, 1.0, 0.0],
'T': [0.0, 0.0, 1.0, 0.0],
'V': [1.0, 1.0, 0.0, 1.0],
'W': [0.0, 1.0, 1.0, 1.0],
'Y': [0.0, 1.0, 1.0, 1.0]
}
# 计算每个氨基酸的属性向量
sequence = sequence.upper()
feature_vector = []
for amino_acid in sequence:
if amino_acid in amino_acids:
feature_vector.extend(properties[amino_acid])
# 计算PseAAC特征
pse_aac = []
for i in range(k):
pse_aac_i = []
for j in range(4):
pse_aac_i_j = 0
for l in range(len(sequence)-i-1):
pse_aac_i_j += (feature_vector[l*4+j] * feature_vector[(l+i+1)*4+j])
pse_aac_i.append(pse_aac_i_j)
pse_aac.extend(pse_aac_i)
# 归一化处理
pse_aac = np.array(pse_aac)
pse_aac = pse_aac / np.sum(pse_aac)
# 平滑处理
pse_aac = (pse_aac * lamda + weight) / (lamda + 1)
return pse_aac.tolist()
# 示例用法
sequence = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'
pse_aac = calculate_pse_aac(sequence, k=1, lamda=10, weight=0.5)
print(pse_aac)
```
这段代码实现了PseAAC特征的计算,输入蛋白质序列,可以得到对应的PseAAC特征向量。你可以根据需要调整参数k、lamda和weight来适应不同的情况。