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原创 Word2016自第3页开始添加连续页脚(除掉封面和目录)
最近写论文需要添加页脚,需要从某一页开始添加连续页脚,主要是除了封面和目录,自正文第一页开始。使用的Word版本是2016,花了挺长时间专研,最后终于搞定,写个博客记录一下。首先,上方栏选择“插入”,然后选“页脚”—>“编辑页脚”,如下图所示。在“页眉和页脚”处,勾选“首页不同”,可以将第一页(一般是封面)跟第一页以后(目录和正文)的页脚设置分开,互不影响,如下图所示。观察目录和正文的分节是否相同,如下图所示。可以看到,目录的分节是第1节,正文的分节是第2节,由于页脚设置是以“节”为单位.
2022-04-04 19:44:05
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原创 python安装torch-cluster、torch-scatter、torch-sparse和torch-geometric
跑图神经网络经常要安装torch-cluster、torch-scatter、torch-sparse和torch-geometric这些包,但是这些包安装挺麻烦的,经常因为版本不对应而报错,下面将介绍如何在版本对应的情况下安装这些包。在import上面的包时,经常遇到的错误有以下两个:错误 1:RuntimeError: Detected that PyTorch and torch_scatter were compiled with different CUDA versions. PyTo.
2022-02-18 17:50:31
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原创 《Learning from Protein Structure with Geometric Vector Perceptrons》文献阅读
本博文基于《Learning from Protein Structure with Geometric Vector Perceptrons》进行翻译讲解,该文章发表于2021年的ICLR,作者来自斯坦福大学。该文章认为大型生物分子的三维结构学习是机器学习的一个独特领域,但是还没有出现一个统一的网络架构,同时利用问题领域的几何和关系两个层面。为了解决这个问题,作者引入了几何向量感知器,它扩展标准的密集层来操作欧几里德向量集合。配有几何向量感知器之后,图神经网络能够执行几何和关系推理,得到大分子的有效表示.
2022-02-17 14:37:43
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原创 Python的时间模块
在跑深度学习模型时,常常需要知道一轮花了多少时间,或者某段代码花了多少时间,以便我们对程序整体的运行效率有更直观的认识,在这里列出几个常用的时间显示代码段,以供参考。代码一import timeprint("Start Time: ", time.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S", time.localtime()))start_time = time.time()"""在这里写你的代码"""end_time = time.time()print("End Ti.
2022-02-07 18:09:46
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原创 Linux对报错指令循环运行
有时候运行一些命令的时候,可能由于网络或者其它原因出错,导致命令终止运行,需要人为重启运行,本文希望能够让Linux系统自动识别error,然后重新启动程序,知道程序正常运行完成。#!/bin/bashpython xxx.pywhile [ $? -ne 0 ] # 判断程序上次运行是否正常结束,没有则进入循环do echo "An error occurred in the process. Restart! " python xxx.py . #重启程序don.
2022-01-25 22:39:32
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原创 Docker镜像转Singularity镜像的全过程
原本Docker镜像挺好用的,但是最近做项目需要用到超算的集群,Docker无法在上面用,需要将Docker镜像转为singularity镜像这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能,丰富你的文章UML 图表FLowchart流.
2022-01-23 21:41:39
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原创 Python绘制频率分布直方图和条形图
我们平时做数据分析的时候,经常要了解数据的分布情况,这时候就需要画出频率分布直方图,博主采用的画图工具是python中的seaborn,它的画图效果比matplotlib要好 [1]。首先需要明确一下直方图和条形图的区别:条形图有空隙,直方图没有,条形图一般用于类别特征,直方图一般用于数字特征(连续型)[2]。画直方图def draw_distribution_histogram(nums, path, is_hist=True, is_kde=True, is_rug=False, \ is.
2021-12-18 21:32:21
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原创 Docker磁盘空间不足如何解决
当我们使用docker时,经常会创建新镜像和新容器,在新容器中又会安装各种包,这些东西不是虚拟的,而是实实在在存于我们的磁盘中,默认在/var/lib/docker中,这个目录是属于系统盘的,而系统盘的空间往往不大,这样就会造成,随着时间的推移,docker越来越大,最后系统盘的空间被占满,所以这个时候就需要迁移docker的存储目录到更大的盘,才能把系统盘的空间腾出来。1、查看服务器所有磁盘的使用情况:df -h可以看到,红框处就是系统盘的大小,总大小是188G(相对其他盘小太多),之前是占满.
2021-12-10 11:35:33
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原创 《Character-Level Language Modeling with Deeper Self-Attention》文献阅读
本博文基于《Character-Level Language Modeling with Deeper Self-Attention》这篇文章进行讲解,该文章发表在2019年的AAAI会议上,作者来自Google AI。在本文中,作者展示了具有固定上下文的深层(64层)transformer模型(Vaswani et al.2017)在很大程度上优于RNN变体,在两个流行基准上实现了SOTA水平:text8上每个字符1.13位,enwik8上为1.06位。为了在这个深度上获得好的结果,作者证明在中间网络层.
2021-11-28 16:29:00
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原创 Docker常用指令
# docker挂载本地目录[1]# 如果container_dir不存在,会自动在容器里创建目录,image表示镜像docker run -it -v /localhost_dir:/container_dir image /bin/bash# docker挂载多个本地目录docker run -it -P --name v_test -v /localhost_dir1:/container_dir1 -v /localhost_dir2:/container_dir2 image /bin/
2021-10-21 10:15:14
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原创 208. 实现 Trie (前缀树)
难度:中等实现一个 Trie (前缀树),包含 insert, search, 和 startsWith 这三个操作。示例:Trie trie = new Trie();trie.insert(“apple”);trie.search(“apple”); // 返回 truetrie.search(“app”); // 返回 falsetrie.startsWith(“app”); // 返回 truetrie.insert(“app”);trie.search(“app
2021-03-09 21:12:19
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原创 ImportError: libboost_python3.so.1.65.1: cannot open shared object file: No such file or directory
在使用conda install -c rdkit rdkit安装rdkit后,运行import程序时,出现了如下问题: from .rdBase import rdkitVersion as __version__ImportError: libboost_python3.so.1.65.1: cannot open shared object file: No such file or directory可以通过如下命令进行解决:conda install -c rdkit rdkit
2021-03-05 11:10:09
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原创 TransformerCPI文献阅读
本博文基于《TransformerCPI: Improving compound–protein interaction prediction by sequence-based deep learning with self-attention mechanism and label reversal experiments》这篇文章进行讲解,该文章发表在2020的ACL上,作者是印度理工学院计算机科学与工程系的两个研究生,主要的工作是构建了一个PPI的数据集,包括文本,基因序列和蛋白结构这三种模态。另.
2021-03-04 14:21:25
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原创 PPI的多模态融合预测
本博文基于《Amalgamation of protein sequence, structure and textual information forimproving protein-protein interaction identification》这篇文章进行讲解,该文章发表在2020的ACL上,作者是印度理工学院计算机科学与工程系的两个研究生,主要的工作是构建了一个PPI的数据集,包括文本,基因序列和蛋白结构这三种模态。另外,作者还构建了一个模型去处理这三种模态的数据,然后预测PPI。最后.
2021-03-01 19:55:52
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原创 anaconda查看和添加镜像源
我们用anaconda在安装包的时候,默认上外网下载,但是有时候外网太慢,我们可以用国内的镜像源代替,比如清华的和中科大的,接下来就来看下如何添加和修改镜像源。# 添加清华镜像源conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/# yes表示搜索时显示通道的地址conda config --set show_channel_urls yesOK,这样子就可以使用清华的镜像了,.
2021-02-02 17:27:07
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原创 ‘IOLoop‘ has no attribute ‘initialized‘ or __init__() got an unexpected key argument ‘io_loop‘
在安装和运行jupyter notebook时,我们经常会遇到如下的问题,令人很困惑也很苦恼:错误一:AttributeError: type object 'IOLoop' has no attribute 'initialized'这个错误是因为tornado和pyzmq这两个包的版本不适配,比如tornado 5需要对应 pyzmq 17,你可以采用如下方法任意修改其中一者的版本,我看到网上大部分做法是: 1. conda install -c anaconda pyzmq 2. con
2021-02-02 15:20:54
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原创 ubuntu下anaconda3常用的一些小指令(持续更新)
anaconda是一个非常好的python管理工具,所以有必要对它一些我认为常用的指令记录一下:conda -V # 查看anaconda的版本conda install xxx -n 虚拟环境的名字 # 在某个虚拟环境下安装包,也有另外一种做法,如下一行conda install xxx # 这需要提前先用conda activate激活虚拟环境,不然会默认在base下安装conda install xxx yyy # 同时安装多个包conda update xxx # 更新包con
2021-02-01 21:58:37
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原创 anaconda3在指定的虚拟环境中更换python版本
有时候你想更换自己在某个虚拟环境中的python版本,怎么做呢?如果用pip install python==3.8之类的语句进行安装,通常会遇到如下失败:ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement python==3.8 (from versions: none)ERROR: No matching distribution found for python==3.8这个时候如果我们的虚拟环境是由anaconda3来
2021-02-01 20:34:08
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原创 failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: failed with rep
我们用conda install xxx来安装包时,经常会遇到如下问题:failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.这其实是conda的环境不适配,我们需要将对环境进行更新,通过如下几个步骤:# 查看版本
2021-02-01 18:21:35
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原创 SafetyError: The package for xxx located at /home/xxx/anaconda/... appears to be corrupted. The path
在运行conda install nb_conda的时候,出现了如下问题:SafetyError: The package for xxx located at /home/xxx/anaconda/... appears to be corrupted. The path ... has an incorrect size. reported size: 7680 bytes actual size: 5695 bytes这个问题的原因是我用了conda install和pip instal
2021-01-31 21:00:21
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原创 Jupyter notebook运行时出现AttributeError: module ‘tornado.web‘ has no attribute ‘asynchronous‘的错误
当运行jupyter notebook后,有时候会出现如下的错误:[W 21:40:20.865 NotebookApp] Error loading server extension nbpresent Traceback (most recent call last): File "/home/myname/anaconda3/envs/myenvs/lib/python3.6/site-packages/notebook/notebookapp.py", line 1271, i
2021-01-30 23:45:43
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转载 数据挖掘比赛时模型融合的方法
数据挖掘、机器学习等比赛的最后冲刺阶段,单模型的效果已经到了自己所能提升的极限了,这时候很多人会选择模型融合的方式,接下来介绍一些常见的模型融合的方法。一、平均法(Averaging)1、算术平均法这种方法比较简单直接,对多个模型预测的结果求算术平均。既可以用于回归问题,也可以用于分类时各个类别概率的平均。2、加权平均法这种方法考虑到模型的性能不同,求平均时根据每个模型的预测性能,给予每个模型不同权重。比如A、B、C三种基本模型,模型效果进行排名,假设排名分别是1,2,3,那么给这三个模型赋.
2020-12-19 00:27:11
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原创 文献阅读《Self-Supervised Graph Transformer on Large-Scale Molecular Data》
这篇文章是腾讯AI Lab和清华大学合作,投稿在2020年NeurlPS上的文章,主要的工作是设计了一个预训练模型,能够在大规模的无标签的化学分子数据上进行自监督训练,使得模型在下游任务的泛化性更强。接下来进入这篇文章的大概解读。一、任务背景在人工智能驱动的药物设计和发现中,如何获得分子的信息表示是至关重要的先决条件。近年来,很多研究将分子抽象为图(Graph),并使用图神经网络(GNNs)进行分子表示学习。但是有两个问题阻碍了GNNs在真实场景中的使用:(1)用于监督训练的有标签分子数据不足;(2.
2020-12-09 17:47:18
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原创 linux利用shell监听某个程序是否完成
应用场景:希望检测某个程序是否已经运行完成,一旦完成,则执行其他程序。(1)首先通过ps u查看当前用户下的所有程序的进程,选择你要监听的进程号,比如9160。注意:ps a是查看当前用户所执行的所有程序进程,不包括其他用户;ps aux是查看所有进程,包括其他用户。(2)编写shell代码,实现监听flag=1result=1while [ "$flag" -eq 1 ]do sleep 1s PID=9160 PID_EXIST=$(ps u | awk '{pr
2020-12-09 15:27:36
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转载 Python处理Excel文件(openpyxl模块)--特别好用!!!
Excel表格在我们日常办公中是不可或缺的,学会用python处理excel表格对我们工作效率会有很大提升。python提供的xlrd模块其实并不好用,它会有容量限制,我发现了一个比较好用的模块——openpyxl,它的容量大,而且简单易用。接下来我就讲一下它的一些常用的基本操作。1、Excel 基础概念Excel 文件也称做为工作簿。每个工作簿可以包含多个工作表(Sheet)。用户当前查看的表或关闭 Excel 前最后查看的表,称为活动表。每一张表都是由列和行构成的。列是以 A 开始的字母表示;.
2020-08-05 23:46:48
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原创 RuntimeError: module must have its parameters and buffers on device cuda:0 (device_ids[0]) but found
跑Pytorch模型的时候,经常会遇到一个问题,就是RuntimeError: module must have its parameters and buffers on device cuda:0 (device_ids[0]) but found one of them on device: cuda:4,这个问题真的很烦人,每次都花了我很长时间去解决。这个问题其实无非就是有些参数本来加载在gpu0的,被程序加载到了gpu4上,导致出错。接下来我总结一下它的解决方法:(1)修改主gpu:程序默认使用
2020-06-27 23:19:20
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原创 Pytorch在多GPU下选择特定序号的GPU运行程序
原先的代码可能如下:device = torch.device("cuda:0" if torch.cuda.is_available() and not args.no_cuda else "cpu")if args.n_gpu > 1: model = torch.nn.DataParallel(model)上面这段代码会指定序号为0的GPU作为初始加载的GPU,同时如果...
2020-05-02 11:13:01
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原创 VS Code进行Python远程调试
有时候我们跑大型项目的时候,数据量往往比较大,这样造成本地计算机无法运行,需要把数据和代码都上传到服务器上。然而,服务器往往是Linux系统,没有图形化界面,进行代码的调试十分麻烦,很多时候需要靠写很多个print来观察变量,或者pdb调试,或者本地小数据调试完再上传到服务器等等操作,无法像本地计算机一样设置断点和其他查看功能那么方便。接下来,本文将以Python语言为示例,讲解一下如何通过VS...
2020-03-28 20:07:53
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原创 Pycharm查看类或函数的使用和调用
Pycharm作为Python开发的IDE,一直广受好评,主要是它的交互界面、功能都是无可挑剔的。在写Python代码的过程中,频繁地定义类和函数,以及调用它们的现象是无处不在的。接下来,我将介绍一下Pycharm如何查看类和函数的使用和它们之间相互的调用。一、类或函数的使用当我们看到一个类或函数的时候,一定想知道它的作用是什么,它的输入参数有哪些,输出是什么。下面提供几种方法:(1)鼠...
2020-03-23 14:37:43
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原创 全面的基本Git命令
Git和GitHub是一个程序员必然会用到的工具和平台,GitHub的操作比较简单,主要是Git需要记住一些基本的命令。下面本文列举了Git中比较常用的命令,基本都包含在里面,比较全面。git status 查询仓库状态git init 初始化 Git 仓库,让当前文件夹变成一个Git仓库git add 当仓库里有untracked files,可以通过这个命令将它添加到【临时缓冲区】......
2020-03-09 01:05:40
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原创 详解Python seed()
Python中用于生成随机数的函数一般用numpy.random.rand(),它是一个用来生成0-1之间小数的函数,括号里的数字是n,它就生成一个n元向量,但是有时候在看代码的时候经常会看到numpy.random.seed(),这个是干什么用的呢?接下来我们来了解一下。计算机中其实不存在真正意义上的随机数,我们得到的随机数其实都是根据当前系统的时钟作为初始值,然后结合一定的算法生成的,所...
2020-02-14 01:14:19
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原创 详解神经网络(Neural Network)
读《Python神经网络编程》总结一些归纳计算机编程语言可以理解矩阵计算,并认识到潜在的计算方法的相似性,这允许计算机高速高效地进行这些计算,算出X = W • I ,而无需我们对每一层的每个节点给出单独的计算指令。为什么让误差反向传播到网络的每一层呢?原因是,我们使用误差来指导如何调整链接权重,从而改进神经网络输出的总体答案。为了避免终止于错误的山谷或错误的函数最小值,我们从山上的不同...
2020-02-06 18:09:17
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原创 Python读写文件
读文件方法1with open(filein) as f: data = [line.strip().split(' ') for line in f]方法2with open(filein) as f: fcsv = f.readlines() # fcsv是一个数组,里面的元素是每一行字符串 data = [line.strip().split(' ') f...
2020-02-06 17:35:42
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原创 MATLAB画图
有不少研究者都采用MATLAB进行绘图,因为MATLAB画图功能齐全又不失美观,接下来我将结合具体代码记录一下MATLAB画图的一些操作和心得。第一段代码:%Fig1.close allclearsyms w p c t d pe b we ac=1; d=1; b=1;a1 = (4*d*(512*c*d^3*t - b^3*c*t^4 + 8*b^3*c*t^4*(d/(8*...
2020-02-06 17:32:43
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原创 详解支持向量机(Support Vector Machine, SVM)
接触支持向量机(Support Vector Machine, SVM)有很长一段时间了,对它的原理一直懵懵懂懂。有幸在国科大听了兰艳艳老师的课,对SVM有了更加深入的认识,决定写成笔记记录下来,当作是一次回顾,也希望对读者有启发。一、引入问题如图1所示,有一堆邮件用点表示,其中绿色的点表示正常邮件,红色的点表示垃圾邮件,需要画出一条分类线将这两种类别的邮件分开。图1 两种不同的邮件假...
2020-02-06 16:37:27
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原创 Python画纵向条形图
Python画纵向条形图import matplotlib.pyplot as pltimport matplotlibimport numpy as np# 设置中文字体和负号正常显示matplotlib.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']matplotlib.rcParams['axes.unicode_minus'] = False...
2020-02-06 16:03:31
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原创 基于网络搜索的Markdown语法大汇总
1. Markdown基本语法 2. Markdown编辑器语法——文字颜色、大小、字体与背景色的设置 3. Markdown添加空格效果...
2018-11-03 17:40:30
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原创 为什么无法import自己导入的jar包中的代码文件?
       一开始这个问题真的困扰我好久,无论怎么import,都是*(空的),无法找到自己想要的文件。后面自己将一些官方jar包中的文件打开出来查看,发现他们文件的后缀都是.class,而我自己导入的第三方jar包中的文件确是.java,心想,难怪import不成功。  
2018-11-03 17:26:30
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原创 Android Studio如何导入jar包
Android Studio如何导入jar包Android Studio中打开自己的工程, 将需要导入的jar包放在app/libs文件夹中;点击菜单栏的File—>Project Structure,在出现的页面的左栏点击需要导入的Modules(一般是app),然后点击右侧的Dependencies;点击最右侧的添加“+”,将你需要的jar包添加进来,再点击OK,就可以了。...
2018-11-03 16:44:00
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