conda 切换环境_conda进行软件管理

• 目的及特点
  • 目的：解决软件之间的依赖关系，简化安装过程
  • 特点
    • 第三方软件齐全，安装方便
    • 多环境管理，避免软件之间冲突
    • 不需root权限“自由”安装软件
• Miniconda安装
  • 清华镜像站下载Miniconda
  • 安装Miniconda： bash Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh
    • Miniconda会默认安装在用户家目录的软件名称文件夹下，如：/home/manager/miniconda3
    • 注意 不建议将Miniconda添加到环境变量中，后续使用手动启动该软件
• 配置conda环境
  • 创建或删除conda环境
    • 目的：通过conda的环境管理，可以使同一软件的不同版本存在于不同的conda环境中，便于通过切换不同环境使用不同版本的软件
    • 创建conda环境：conda create -n 新环境名称：conda create -n python2
    • 删除conda环境：conda remove -n 环境名称 --all
  • 启动或关闭特定conda环境
    • 启动哪个conda环境由目的决定：新的软件安装在那个环境下？调用哪个环境下的软件使用？
    • 命令提示行前有（）标识用来提示当前conda环境名称，基础conda环境为（base）
      • source ~/miniconda3/bin/activate # 启动基础conda环境，
      • conda activate python2# 启动其他conda环境
      • conda deactivate # 关闭conda环境，根据命令提示符前判断是否退出conda环境
    • 添加软件下载channe
      • https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

• • • 查看.condarc文件，channels是否添加
      • vim ~/.condarc
  • 利用conda安装软件
    • 启动特定conda环境：source ~/miniconda3/bin/activate # 启动conda环境的目的主要是为了将 ~/miniconda3/bin加在环境变量中
    • 搜索软件：conda search 软件名
    • 确定并下载安装软件：conda install -y 软件名
      • 直接在linux上搜索效率很低，建议直接在bioconda站点搜索软件，确定软件版本，后直接命令安装：https://anaconda.org/
      • conda install samtools=1.9 -y
      • 默认安装的软件会自动添加到环境变量中，可在conda环境启动下直接使用软件命令