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RSS订阅原创 NECAT报错处理
组装的质量感觉还是蛮高的，可以去尝试一下。该软件不需要安装，直接下载解压后便可得到可执行程序，使用方法在github上也有详细介绍。为了稳妥起见，我选择用conda专门为necat创建一个环境，指定perl的版本，这是由于perl的版本过低导致的，在下面的连接中可以找到解决方法。目前的per版本是5.16，建议使用5.24及其以上的版本。，或者可以直接在新的环境中用conda安装necat，升级perl的版本之后，再次运行，又有新的报错。再次运行necat的脚本，就能正常使用。
2023-07-19 13:50:38
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原创 开发板安装使用realsense D405
最近需要用到深度相机进行三维重建，于是买了intel的realsense D405，记录一下安装使用D405的坎坷经历。
2023-05-18 19:21:14
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原创 VScode调试程序处理bam文件
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar
2022-01-19 20:49:35
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原创 SOAPdenovo2安装报错
在安装SOAPdenovo2的时候，按照教程进入文件目录下，make的时候出现报错，错误代码如下。/usr/bin/ld: ./sparsePregraph/inc/libbam.a(bam.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIE/usr/bin/ld: ./sparsePregraph/inc/libbam.a(b
2022-01-05 15:20:50
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原创 canu安装过程
canu的源码地址https://github.com/marbl/canu，直接将github上的源码克隆到本地。等待克隆完成。在canu/src路径下make编译。等待编译完成后，便可以正常使用。
2021-11-03 11:00:06
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原创 将bam文件分成两个bam文件，属于相同pe的两条reads分到一个bam文件中
#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include<time.h>#include "htslib/sam.h"#define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0)typedef struct Link{//用于存储qname信息 char *qname; int tie; struct Link *next;}Link,*LinkL
2021-10-20 14:39:09
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原创 按照奇偶行将bam文件分成两个文件
#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include "htslib/sam.h"#define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0) int main(int argc,char **argv){ bam_hdr_t *header; bam1_t *aln = bam_init1(); samFile *in =
2021-10-15 13:54:17
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原创 FastQC安装以及试用
FastQC是一个java程序，能够用于给出测序数据的QC报告，报告中会同时给出上述几个方面的数据图，并提示原来的数据可能还存在着哪些问题，它可以很好地帮助我们理解测序数据的质量情况。使用FastQC需要先有java的环境，在Ubuntu中先使用wget获取安装包（https://download.oracle.com/java/17/latest/jdk-17_linux-x64_bin.tar.gz）。解压之后需要配置环境变量，用自己的安装路径设置JAVA_HOME。(base) bigda@D
2021-10-05 14:49:24
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原创 使用bwa将fastq文件转换成sam文件
将下载好的fastq文件解压。建立索引：bwa index SRR893061_1.fastq -p genomealn 命令将单独的 reads 比对到参考序列：bwa aln genome SRR893061_1.fastq > aln_sa1.saibwa aln genome SRR893061_2.fastq > aln_sa2.saisampe命令 生成 sam 文件：bwa sampe genome aln_sa1.sai aln_sa2.sai SRR8930
2021-09-24 21:47:00
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原创 BWA安装过程
BWA，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的软件包。先获取bwa的安装包，可以直接去github上下载，https://github.com/lh3/bwa。也可以使用git clone命令直接拷贝到本地。进入bwa文件，直接make，等待安装完成。安装完成后，输入bwa，就能查看帮助信息。...
2021-09-23 13:16:17
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原创 将代码上传到github
想要将自己的代码上传到github需要有github账户，进入github官网，点击注册。进入个人页面，点击右上角+号，选择新建项目。设置项目的相关信息，点击创建，就可以看到新建的项目。项目创建完成，就需要上传代码。github可以使用命令行上传代码，也可以使用图形页面上传。使用图形页面，需要先下载git。在此页面选择自己想要下载的版本，下载完成后进行安装。然后需要下载TortoiseGit。全部下载安装完成后，右击鼠标，就可以看到出现相关选项。进入自己想要存放代码的文件夹，右键选择
2021-09-18 16:18:24
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原创 fastq文件转化成bam文件
进行数据分析的前提就是要获取数据，我们可以从相应的网站上下载自己需要的数据。例如https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA189204?show=reads。选择自己想要下载的文件，将其下载到本机。下载的文件都是经过压缩的，就需要先解压文件。在这里是使用unzip命令解压文件，在Ubuntu中，可以使用sudo apt install unzip命令，安装完成之后就可以使用unzip命令了。解压完成后会得到两个压缩的fastq文件，需要用gunzip命令解
2021-07-29 18:45:33
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原创 bam文件flag的含义
/*! @abstract the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair /#define BAM_FPAIRED 1/! @abstract the read is mapped in a proper pair /#define BAM_FPROPER_PAIR 2/! @abstract the read itself is unmapped; conflictive wi
2021-07-07 12:41:26
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原创 c使用htslib库按奇偶行输出bam文件的内容
c使用htslib库按奇偶行输出bam文件的内容处理bam文件的时候，为了完成自己的需求，需要编写程序，调用htslib库中的api完成相应的功能。bam文件是以二进制形式存储的文件，与普通的文件不同，所以在处理bam文件的时候，不能把它当做普通文件一样处理，需要利用htslib里的api对它进行操作。以下就是实现本次需求的代码。#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include "htslib/sam.h"#define bam
2021-07-01 20:21:41
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原创 调用htslib编译执行程序
htslib库的使用示例使用samtools的过程中，有时需要我们自己编写程序对文件进行个性化处理，本文将展示如何进行编译执行程序。htslib库中给出使用API的例子https://github.com/samtools/htslib/tree/develop/htslib，需要的可以阅读源码。与普通c程序编译不同，普通c程序用到的库基本都是标准库，但是当用到像htslib这样的第三方库时，编译就会相对复杂。直接使用gcc命令编译就会报错，无法找到对应的方法。上面-Ihtslib选项表示到除
2021-04-24 21:35:32
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原创 启动conda
启动condaminiconda安装完成后，输入conda，会提示command no found。进入miniconda3目录下的bin文件，里面有一个名为activate的文件。需要给activate添加一下权限，然后在启动conda，开头出现base，说明启动完成。再输入conda，就可以看到提示。...
2021-04-14 10:52:26
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原创 windows 10 samtools安装过程
samtools安装过程samtools是用于处理序列对比输出sam与bam文件的工具软件，能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令，还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。一.安装适用于Linux的子系统在Microsoft Store中搜索Ubuntu，选择安装，等待安装成功，设置用户名和密码，完成后重新启动，就可以正常使用，可以直接打开Ubuntu，也可以在c
2021-03-10 10:56:35
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原创 数组反转
数组反转每个学习编程的人都曾遇到过这类题目，今天分享两种思路。1.定义两个索引变量，分别指向头和尾，交换两个变量的值，分别后移和前移，实现数组反转。public class change { public static void main(String[] args) { int[] arr={1,2,3,4,5,6}; reverse(arr); printArry(arr); } public static void re
2021-03-02 17:36:00
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原创 Packet Tracer相关命令
交换机相关操作1.修改名称hostname xxx2.设置密码enable password xxx3.划分VLANvlan xxxname xxx4.将端口分配VLANint f0/1switchport mode accessswitchport access vlan xxx5.跨交换机划分VLAN（进入连接端口，更改端口模式）int f/10switch mode trunk路由器相关操作1.配置端口int f0/1no shutip address [ip地址
2021-01-30 14:18:00
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空空如也
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