pyqt5读入并显示一个excel_Excel中的bug严重影响了我们的数据结果,包括NATURE文章———基于此一种有效的解决办法...

    在基因表达矩阵计算过程中,我们需要获得各个样品的基因表达矩阵,以便后续做差异基因/转录本分析。然而,一些定量分析软件,如NC杂志推荐的Stringtie和Salmon软件无法直接生成相关基因/转录本的表达矩阵,因此需要我们后续进行相关的数据处理和分析。

    事实发现,常用的统计学软件如Excel在数据处理过程中并不是一个理想的工具,甚至在我们统计基因列表的时候Excel存在大大的bug,导致我们的基因名字彻底被改变。例如gene symbols: MARCH-1,MARCH-7,Oct4, SEPT2,FEB1等诸多基因名字会在sheet文件自动转变为1-Mar,7-Mar, 4-Oct, 2-Sep,1-Feb等。一旦保存Excel文件,这种结果是不可恢复的,导致实验误差。所以我们在分析数据的时候一定要谨慎,加谨慎,再谨慎!

    先前在BMC bioinformatics上的文章已有这方面的报道 (Zeeberg et al., 2004)。其中以12月份开头的基因全部被Excel不逆的转变为了日期(图1)。这些数据不只是存在于Excel表格中,同样也威胁着公共数据库(图2)。2016年发表于Genome Biology上的一项研究显示,补充材料里包含Excel格式基因名的文献中,约有20%出现了这种错误的转换,包括发表在NATURE上的诸多文章(Ziemann et al., 2016)。因此,由EXcel中内置bug所引起的错误得到了广大科研者的关注。2017年,Welsh等人利用Perl语言写了一个名为escape_excel.pl的脚本,并发表在Plos ONE上(Welsh et

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