_干货 | 一文教会你如何采用Linux系统处理RNAseq测序数据

转录组是指细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和。转录组测序（Transcriptome sequencing）是基于Illumina HiSeq测序平台检测细胞内所有mRNA的一项技术，能够快速获得细胞在某一状态下所有的转录本信息，因而被广泛应用于基础研究、药物研发和临床诊断等多个领域。

在获得原始测序数据（FASTQ文件格式）后，该如何就FASTQ测序文件进行后续分析处理呢？下面，让我们一起来学习吧！

前期准备：

硬件：

Linux系统，>4G运行内存

软件：

Miniconda、FastQC、Cutadapt、Hisat2、SAMtools、subread（FeatureCounts）

PART1 测序数据质量评估采用FastQC软件进行分析

FastQC（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/）是一款基于Java的软件。无论是Windows/Linux系统运行FastQC，首先都必须安装java（注意Java的版本不能超过1.6，否则FastQC会无法运行）。其作用是对测序数据进行质量评估。

FastQC安装：

$ cd path/to/fastqc

$ chmod 755 fastqc

$ ./fastqc

$ sudo ln -s /path/to/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc

运行格式：

$ fastqc -o outdir -t threads fastq1 fastq2 ...

主要参数：

-o --outdir FastQC 所生成的报告文件的储存路径

-t --threads 程序运行的线程数

示例：

$ fastqc -o FASTQC/ -t 8 Ctrl-1_combined_R1.fastq.gz Ctrl-1_combined_R2.fastq.gz Ctrl-2_combi