linux分析测序数据,16S测序分析系列（一）菌属丰度表获取

Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速提取出可以用来统计分析的菌属相对丰度表”的工作流程。该丰度表是做菌群研究最为基本的数据，要想发文章还必须做大量的统计分析。在以后的文章中我们会继续推出一些统计分析方法，敬请期待！

软件准备

Linux环境：

1.       FastQC

质检下机数据

2.       Cutadapt

切除测序引物

3.       QIIME2

序列拼接、质控、比对、注释

软件版本：QIIME2 2018.4或QIIME2 2018.8

Windows环境：

1.       Filezilla

下载Linux环境中的数据或上传数据到Linux环境

2.       Excel

数据处理

3.  QIIME2 view

查看QIIME2输出的以.qzv为后缀的文件

数据准备

1.  Miseq 16S amplicon V3V4测序下机数据

*R1.fastq，*R2.fastq

2.  测序引物

p1 -> CCTACGGGNGGCWGCAG

p2 -> GACTACHVGGGTATCTAATCC

3.  表型文件metadata.txt

准备存放样本信息的表型文件，以tab键为分隔符。可以先在Excel中做表，然后保存为tsv文件。

格式如下：

4.  Greengenes细菌16S全长序列数据库

下载得到gg_13_8_otus.tar.gz(最新版，大小为305M)后将其解压得到99_otus.fasta(序列)和99_otu_taxonomy.txt(分类)两个文件，文件获取如下：

流程概览