linux分析rna-seq,RNA-seq 分析流程（一）linux部分

Step1:软件安装

数据资源下载，参考基因组及参考转录组(linux)

gtf ，genome，fa

质控，需要fastqc及multiqc(linux)

trimmomatic，cutadapt，trim-galore

对比(linux)

star,HISAT2,TOPHAT2, bowtie,bwa,subread

计数(linux)

featureCounts，htseq-counts,bedtools

nomalization 归一化，差异分析等(R 包)

DEseq2，edgeR，limma

注，fastqc和trim-galore需要下载openjdk，非常大，建议使用conda install --offline /home/xxx/src/openjdk-11.0.1-h516909a_1016.tar.bz2 线下安装

conda install -y fastqc trim-galore star bwa hisat2 bowtie2 subread tophat htseq bedtools deeptools salmon cutadapt multiqc sra-tools

conda install -c bioconda trimmomatic

Step2:原始数据校验

md5sum -c cdmd5.txt

Step3: 数据质控与矫正

3.1. fastqc

fastqc 批处理并将结果保存在qc文件夹下

fastqc -o ./qc/ *.fq.gz

multiqc整合fastqc结果

multiqc -o .