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生物信息领域常用语言
个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java..(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。
生物信息常用语言非常广泛,我常用的有Perl, R, Shell,此外参与网页制作还用过PhP+mySQL,写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言,如果和计算机专业的人交流,对方可能没听过这些语言。本系列“生信人写程序”主要以Perl为主,并伴随一些零星的R和Shell编程的经验和技巧。对于生信Perl使用人员有个交流和互相提高的平台,让新人少走点弯路。对于没有任何Perl基础强例建议别入坑,想学生信找Python教程吧,不解释看下图。
TIOBE世界编程语言使用排行
我们可以看到世界前三是Java, C, C++,大家都听说过;第四是Python,目前在生领领域有取代Perl地位的趋势,目前Perl列第9(世界十大语言之一)下降一位。R语言的数据分析领域有应用越来越广泛,今年上升两位至14名;Shell由于版本和各类较多,在50-100名间有4种,此语言只建议快速解决小问题,不建议写太长的任务,很容易跨平台不兼容。
总结:生信常用语言:Shell+R+Python/Perl
世界三大语言:Java, C, C++
生信语言的排名:Python 4th, Perl 9th, R 16thPerl写作环境模板推荐
很多人三行两行或直接命令行用perl直接解决问题,虽然快,但是不容重用和别人使用。因此,良好的写作环境和模板是效率和专业的体现,即提高自己的代码重用性,也方便交流和他人使用。编程环境IDE
推荐使用:Editplus 4.0,网上到处都是注册机和序列号,随便用,下载址搜不到可以点链接:http://pan.baidu.com/s/1jHJJ1qe 密码:6xm6。优点是可配置模板,可直接编辑服务器脚本(省略上传步骤),高效的代码调试。编程模板
是解决常用功能的写作模板,如帮助文档部分(提高代码重用和版本管理,方便其他人使用),命令行参数管理(可读性的命令行是程序的基础),程序运行时间统计(项目时间管理),常用文件读取数据结构样式(方便修改文件输入和输出)等;
下面是实现这样功能的模板:#!/usr/bin/perl -w# 加载时间管理,参数管理,文件名和路径处理的基础包,无须安装use POSIX qw(strftime);
use Getopt::Std;
use File::Basename;
################################################################################命令行参数据的定义和获取,记录程序初始时间,设置参数默认值#Get the parameter and provide the usage.###############################################################################my %opts;
getopts( 'i:o:d:h:', %opts );
&usage unless ( exists $opts{i} && exists $opts{o} );
my $start_time=time;
print strftime("Start time is %Y-%m-%d %H:%M:%Sn", localtime(time));
print "Input file is $opts{i}\nOutput file is $opts{o}n";
print "Database file is $opts{d}\n" if defined($opts{d});
$opts{h}=1 unless defined($opts{h});
################################################################################读入的数据或注释文件,用于与输入文件比较或注释(可选),提供三种方式#Read the database in memory(opt)################################################################################open DATABASE,") {#chomp;#my @tmp=split/\t/;#$database{$tmp[1]}=$tmp[2];#}# 2. 数组结构数据库,无唯一ID,但有顺序要求#my (@tmp1,@tmp2); #database in array#while () {#chomp;#my @tmp=split/\t/;#push @tmp1,$tmp[1];#push @tmp2,@tmp[2];#}#close DATABASE;# 3. 批量数据文件,读取一批有相似结构的文件#open a list file#my %list;#my @filelist=glob "$opts{i}";#foreach $file(@filelist){#open DATABASE,") {#my @tmp=split/\t/;#$list{$file}{nr}++;#}#close DATABASE;#}################################################################################Main text.################################################################################ 正文部分,读取输入文件,列出输入和输入文件的三行作为示例,方便编程处理数据open INPUT,"
#chrm0 snppos1 ref2 mat_gtyp3 pat_gtyp4 c_gtyp5 phase6 mat_all7 pat_all8 cA9 cC10 cG11 cT12 winning SymCls SymPval BindingSite cnv#1 4648 C A C M PHASED C A 0 11 0 0 M Asym 0.0009765625 -1 0.902113open OUTPUT,">$opts{o}";
#chrm snppos ref mat_gtyp pat_gtyp c_gtyp phase mat_all pat_all cA cC cG cT winning SymCls SymPval BindingSite cnv#1 4648 C A C M PHASED C A 0 11 0 0 M Asym 0.0009765625 -1 0.902113my %count;
# h参数用于去除有文件头的行while ($opts{h}>0) { #filter header
;
$opts{h}--;
}
# 输入和输入处理部分,常用按行读取处理并输入,默认按tab分割数据while () {
chomp;
my @tmp=split/t/;
print OUTPUT "$tmp[0]\t$tmp[1]n";
}
close INPUT;
close OUTPUT;
################################################################################Record the program running time!# 输出程序运行时间###############################################################################my $duration_time=time-$start_time;
print strftime("End time is %Y-%m-%d %H:%M:%Sn", localtime(time));
print "This compute totally consumed $duration_time s.n";
################################################################################Scripts usage and about.# 程序的帮助文档,良好的描述是程序重用和共享的基础,也是程序升级和更新的前提###############################################################################sub usage {
die(
qq!
Usage: template.pl -i inpute_file -o output_file -d database -h header num
Function: Template for Perl
Command: -i inpute file name (Must)
-o output file name (Must)
-d database file name
-h header line number, default 0
Author: Liu Yong-Xin, liuyongxin_bio@163.com, QQ:42789409
Version: v1.0
Update: 2017/6/2
Notes:
n!
)
}
模板导入Editplus
将上述代码保存为template.pl,在editplus中选择Tools — Preference — Template — Perl,点击template.pl右边的..按键,选择你自己的template.pl即可,以后选择perl脚本会自己加载该模板。
希望对大家有帮助!