单基因gsea_单基因TCGA联合GEO干湿结合在胃癌中再发4分+

大家好！今天跟大家分享的是2020年5月发表在Frontiers in Oncology(IF = 4.848)上的文章。文章利用了从TCGA及GEO数据库中搜集的胃癌(Gastric Cancer，GC)表达谱数据进行了LUM表达分析及荟萃分析，通过临床收集的GC样本进行验证，后续利用卡方检验、Logistic回归分析、生存曲线分析和单因素、多因素Cox回归分析，说明了LUM在GC进展过程中起到癌基因的作用，可能是GC的潜在预后指标和治疗靶标。

注：Lumican(LUM)是分子量小、富含亮氨酸的蛋白聚糖家族的成员，可作为癌基因和抑癌基因发挥双重作用。

题目：LUM Expression and Its Prognostic Significance in Gastric Cancer

LUM在胃癌中的表达及其预后意义

摘要

本文从TCGA数据库及GEO数据库下载了胃癌(GC)的基因表达谱和临床数据进行分析，通过表达谱分析发现TCGA数据库中LUM在GC组织中的表达显著高于相邻的非肿瘤组织，并通过qRT-PCR表明LUM在GC中上调表达。卡方检验显示LUM的高表达与肿瘤分化程度和T期相关，Logistic回归分析显示，LUM高表达与肿瘤分化、病理分期显著相关。生存曲线分析和多因素Cox回归分析表明LUM表达高的患者预后较差，LUM的高表达是总体生存(OS)不良的重要独立预测指标。基因集富集分析(GSEA)表明，具有高LUM表达表型的样品中明显富集了14条信号通路。综上所述，LUM可能促进GC进展，并可作为GC的潜在预后指标和治疗靶标。

流程图

1.    数据的获取和整理

从TCGA数据库获取了375个GC组织样品和32个相邻非肿瘤组织样品的表达谱数据及临床指标，从GEO数据库中获取了761个GC组织样品和475个相邻非肿瘤组织样品的表达谱数据及临床指标作为验证数据集。

2.    GC中LUM表达的差异

从TCGA数据库中获得LUM的mRNA表达水平数据。散点图显示了LUM在GC组织和邻近的非肿瘤组织中的表达情况(图1A)。结果显示与邻近的非肿瘤组织相比，LUM在GC组织中显著上调表达。此外，不同的肿瘤分化程度(图1B)、病理阶段(图1C)和T期(图1D)中LUM的表达水平也有差别。

图1

3.    通过qRT-PCR和SMD验证GC中LUM的上调表达

为了验证TCGA数据库中LUM的差异表达，文章使用qRT-PCR评估LUM在转录水平上的表达，结果发现GC中LUM mRNA的表达水平显著高于相邻的非肿瘤组织(图2A)。此外，使用GEO数据集中的GC样本进行了LUM表达数据的综合荟萃分析，I平方值为94％，根据随机效应模型验证LUM的综合SMD(标准化均数差)为0.90，表明LUM在GC中高表达(图3)。

图2A

图3

4.    LUM在GC中的高表达与整体生存率低有关

通过生存曲线分析了TCGA数据中高LUM表达对GC患者的预后影响。结果表明，与LUM低表达组相比，LUM高表达组与较差的总体存活率显著相关(图2B)。LUM高表达组的中位OS为12.53个月，而LUM低表达组的中位OS为13.48个月。LUM低表达组患者的5年生存率(4.89％)也高于LUM高表达组患者的5年生存率(1.09％)。

图2B

5.    LUM表达与临床病理参数的关系

为了进一步探讨LUM表达与临床病理参数之间的关系，从TCGA数据库下载了317例GC患者的临床病理数据。根据中值表达量，将LUM表达水平分为LUM高表达组和LUM低表达组。表3总结了GC患者中LUM表达水平与各种临床病理参数之间的相关性。LUM的高表达水平与肿瘤分化和T期显著相关。Logistic回归分析表明，LUM在GC中表达的增加与肿瘤分化程度、病理分期、T期显著相关(表4)。

表3

表4 6.    基于单因素和多因素分析的LUM表达对存活率的影响

对于GC患者，由于生存率与LUM表达显著相关，使用单因素和多因素Cox回归分析对317名GC患者的进行了分析，以评估LUM表达和其他临床病理因素对生存的影响。单因素Cox回归分析显示年龄、病理分期、T期、N期、M期和LUM表达是存活率的重要预测指标(表5)。多因素Cox回归分析结果表明，LUM的高表达是OS的独立预测指标(表5，图4)。

表5

图4

7.    GSEA分析LUM相关的信号通路

通过GSEA分析了TCGA数据中LUM的功能及其可能相关的信号转导途径。结果显示LUM的高表达表型显著富集在以下13个信号通路，分别为：钙信号传导、hedgehog信号传导、细胞因子-细胞因子受体相互作用、肌动蛋白细胞骨架的调节、TGF-β信号传导、细胞粘附分子(CAM)、MAPK信号传导、癌症的信号传导、JAK-STAT信号传导、Wnt信号传导、趋化因子信号传导、toll样受体信号传导和ABC转运蛋白(图5)。

图5

结语

本文的研究首先分析了TCGA数据库，发现LUM在GC组织中的表达高于相邻的非肿瘤组织。LUM的上调与GC的某些临床病理特征密切相关，这些特征与GC的发生和发展有关。单因素和多因素Cox回归分析将LUM表达的升高确定为GC中OS的独立预测指标。文章发现LUM的表达水平可能是GC诊断和预后的标志物。

该研究也有两个局限性：一是临床信息不完善，并且未提供一些重要信息，例如肿瘤大小，缺乏具体细节，例如手术治疗和手术细节，这些信息对于患者的预后至关重要。二是无法从TCGA数据库中的数据推断出GC中LUM的蛋白表达水平和LUM的作用机制。

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