零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路(一)

经过一段时间的积累,搭建的分析平台已经日渐进入稳定的状态,很多粉丝也在和我们反馈,让我们出一下零代码生信套路课。

小编找了很久,发现某某机构出的TCGA联合GEO 免疫基因+代谢基因的生信套路,该套路应用常见相对来说比较广,又属于双热点套路。但是代码运行真的是太麻烦了,还有各种各样的报错,实在是不好弄,为此,我们推出了复现课程,该课程内容较长, 分成几篇进行讲解,如带来不便,请大家谅解!

一、TCGA数据的下载和预处理

这里通过生信豆芽菜官网可以直接下载TCGA的数据,比如这里我们以LUAD数据为例,

http://www.sxdyc.com/tcgaDataSet
在这里插入图片描述
下载后放在文件夹1.TCGA.pre下面
在这里插入图片描述
用excel打开TCGA.merge.cli.txthe tcga.merge.mRNA.TPM.txt的文件

1、整理表达谱数据
在这里插入图片描述
A列的数据为基因ENSG号,可以直接删掉,C列的数据需要注意,代表了基因的类型,比如说这里选择蛋白编码的基因,将其他类型的全部删掉
在这里插入图片描述
选择数据-筛选-将protein_coding的 基因保留下来,如果这里需要分析lncRNA,就单独只保留lncRNA
在这里插入图片描述
这时候,删掉A和C列的数据

将数据保存后,这里出来后的数据很容易出现重复的基因,所以可以使用我们的去重工具

http://www.sxdyc.com/singleCollectionTool?href-preprocess
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选择去重工具,上传刚刚处理好的TCGA的表达谱数据,并选择去重的方法,等待运行结束即可。
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当然如果文件过大,可以选择7-zip进行压缩,将文件压缩为.gz的格式

在这里插入图片描述
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2、整理生存数据

打开文件后,先删掉后面无用的列名信息,去重
在这里插入图片描述
替换字符
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去掉缺少生存时间和生存状态的样本
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最后保存数据即可

二、GEO数据的下载和预处理

1、从NCBI的GEO dataset官网查找合适的GEO的数据集,可以通过关键词进行查找,也可以通过已经发表的文章进行筛选。

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
在这里插入图片描述
通过一些关键词进行搜索。

比如这里选择GSE31210,怎么下载呢
在这里插入图片描述
往下滑动,选择platforms(平台注释文件)和矩阵文件
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
2、表达谱数据和临床数据的处理

对GSE31210_series_matrix.txt.gz文件进行解压,然后excel打开
在这里插入图片描述
这一部分为样本的表型数据,有时候,表型的临床是存在原文的附件中。

表达谱的数据,这些信息都要删掉,同时拉到最后,将最后一行删掉。
在这里插入图片描述
然后保存一下数据
在这里插入图片描述
3、注释信息的准备

删掉多余的行和列,去掉一个探针对应多个基因名
在这里插入图片描述
选择筛选-包含-///,将这些行全部删掉。
在这里插入图片描述
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合并数据
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运行完成后
在这里插入图片描述
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在最后一列,有基因的名字,直接剪切粘贴到A列
在这里插入图片描述
这时候保存一下,再用去重工具,去一下重复的基因,在前面处理的时候,我们将一个探针对应多个基因的去掉了,那么这里的基因重复就是多个探针对应一个基因名,可以选择去重方法进行去重,这里就省略了
在这里插入图片描述
到这里数据的准备阶段基本就做完了,需要注意的是,在分析的过程中药注意基因的表达,相差大的,可以取一个log进行后续的分析。
#################################
到这里数据准备基本就结束,如果有兴趣可以关注公众号(豆芽数据分析)
有零代码复现相关问题,可以付费进入零代码答疑群和大家一起交流,群费为9.9元,拒绝白嫖党(添加微信:ShenxinBS003或者ShenxinBS001)

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