html.v4p怎么安装,fastp 安装问题及解决方法

fastp 安装报错

fastp -h

fastp: /trainee/Last13/miniconda3/envs/rnaseq/bin/../lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.22' not found (required by fastp)

查看当前版本

$ strings /trainee/Last13/miniconda3/envs/rnaseq/bin/../lib/libstdc++.so.6 |grep GLIBC

可知当前版本不是最新的

查找最新版本libstdc++.so.6

find / -name "libstdc++.so.6*"

出现一堆代码，寻找最新版本

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/libstdcxx-ng-9.3.0-h2ae2ef3_17/lib/libstdc++.so.6.0.28

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/libstdcxx-ng-9.3.0-h2ae2ef3_17/lib/libstdc++.so.6

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libstdc++.so.6

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libstdc++.so.6.0.26

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0/lib/libstdc++.so.6

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0/lib/libstdc++.so.6.0.26

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/aspera-cli-3.9.1-0/lib/libstdc++.so.6

/trainee2/Nov9/miniconda3/pkgs/libgcc-7.2.0-h69d50b8_2/lib/libstdc++.so.6.0.21

find: ‘/trainee2/Nov14/.cache’: Permission denied

find: ‘/trainee2/Nov14/.ncbi’: Permission denied

/trainee2/Nov14/miniconda3/envs/rna/lib/libstdc++.so.6.0.28

/trainee2/Nov14/miniconda3/envs/rna/lib/libstdc++.so.6.0.21

/trainee2/Nov14/miniconda3/envs/rna/lib/libstdc++.so.6

从动态库中找到最新的版本地址，然后复制到自己的目录下

cp /trainee2/Nov4/miniconda3/envs/rna/lib/libstdc++.so.6.0.28 /trainee/Last13/miniconda3/envs/rnaseq/bin/../lib

复制后，修改系统默认动态库的指向，即：重建默认库的软连接。

切换工作目录至：

cd /trainee/Last13/miniconda3/envs/rnaseq/bin/../lib

删除原来软连接：

rm -rf libstdc++.so.6.0.21

将默认库的软连接指向最新动态库：

ln -s libstdc++.so.6.0.28 libstdc++.so.6

再运行

fastp -h

ption needs value: --html

usage: fastp [options] ...

options:

-i, --in1 read1 input file name (string [=])

-o, --out1 read1 output file name (string [=])

-I, --in2 read2 input file name (string [=])

-O, --out2 read2 output file name (string [=])

--unpaired1 for PE input, if read1 passed QC but read2 not, it will be written to unpaired1. Default is to discard it. (string [=])

--unpaired2 for PE input, if read2 passed QC but read1 not, it will be written to unpaired2. If --unpaired2 is same as --unpaired1 (default mode), both unpaired reads will be written to this same file. (string [=])

--failed_out specify the file to store reads that

...

出现以上命令则表示修改成功。