conda安装与软件安装

今天第一天拿到服务器帐号，首先进行软件安装和转录组数据下载。 

安装miniconda 

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 .sh代表shell语言写的，运行需要bash命令

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一直enter，用户协议翻到底，yes，安装在默认位置，或在>>>后输入指定位置；

不初始化，手动练习添加环境变量

vi ~/.bashrc

 添加环境变量

export PATH=/home/data/t220345/miniconda3/bin:$PATH

source一下 

source ~/.bashrc

配置channels

vi .condarc
在里面写上，符号，空格和单词都不能错
channels:
 - biocanda
 - conda-forge
 - r
 - defaults

安装fastp

conda install fastp
#一直yes回车即可，查看安装位置
which fastp

安装blast

conda search blast #搜索blast在conda的名称和版本
conda install blast #安装最新的balst
conda install blast=版本号  #安装指定版本
which blastp #查找blastp软件，而不是软件包blast
conda list #查看已安装的软件
conda update 软件名 #升级软件
conda remove 软件名 #卸载软件