现代作物遗传改良依赖于农艺性状遗传与分子机制的解析,大部分农艺性状属于数量性状,并由复杂的遗传网络调控。数量性状基因(QTGs)的克隆对于作物改良极为重要,传统方法是通过图位克隆定位基因,然而此法需要构建高世代群体,大群体筛选交换单株以及考察详尽的田间表型,因此,比较费时、费力、费钱。虽然关联分析也是解析QTGs的有效方法,但是很难检测到稀有等位基因(通常优异农艺性状所具有的),并且建立群体大小适宜与品种多样性丰富的种质资源平台需要耗费较大的代价。
被广泛应用于遗传基因定位的另一种方法,BSA,也可有效解析质量与数量性状。高通量测序技术的快速发展使BSA在基因定位中发挥着巨大潜力,例如,MutMap,SHOREmap与MMAPPR在质量性状定位中可取代传统的图位克隆。对于数量性状,可利用QTL-seq定位QTLs,但定位区间较大很难识别候选基因,所以非常需要一种新的方法,用于快速定位数量性状候选基因。
介于上述种种定位方法的局限性,本文介绍一种新的方法——QTG-Seq,即通过QTL分离(即,将数量性状转化为质量性状),极端表型混池,高通量测序以及新算法挖掘候选基因。这一方法是由华中农业大学李林课题组、章元明课题组与中国农科院王国英课题组开发并应用成功,最后以“QTG-seq accelerates QTL fine mapping through QTL partitioning and whole-genome sequencing on bulked segregant samples”为题,在线发表在Molecular Plant上。
QTG-Seq基本原理(流程如下)——
(1)群体