kasp技术原理_QTG-Seq:QTL快速精细定位新方法

现代作物遗传改良依赖于农艺性状遗传与分子机制的解析,大部分农艺性状属于数量性状,并由复杂的遗传网络调控。数量性状基因(QTGs)的克隆对于作物改良极为重要,传统方法是通过图位克隆定位基因,然而此法需要构建高世代群体,大群体筛选交换单株以及考察详尽的田间表型,因此,比较费时、费力、费钱。虽然关联分析也是解析QTGs的有效方法,但是很难检测到稀有等位基因(通常优异农艺性状所具有的),并且建立群体大小适宜与品种多样性丰富的种质资源平台需要耗费较大的代价。

被广泛应用于遗传基因定位的另一种方法,BSA,也可有效解析质量与数量性状。高通量测序技术的快速发展使BSA在基因定位中发挥着巨大潜力,例如,MutMap,SHOREmap与MMAPPR在质量性状定位中可取代传统的图位克隆。对于数量性状,可利用QTL-seq定位QTLs,但定位区间较大很难识别候选基因,所以非常需要一种新的方法,用于快速定位数量性状候选基因。

介于上述种种定位方法的局限性,本文介绍一种新的方法——QTG-Seq,即通过QTL分离(即,将数量性状转化为质量性状),极端表型混池,高通量测序以及新算法挖掘候选基因。这一方法是由华中农业大学李林课题组、章元明课题组与中国农科院王国英课题组开发并应用成功,最后以“QTG-seq accelerates QTL fine mapping through QTL partitioning and whole-genome sequencing on bulked segregant samples”为题,在线发表在Molecular Plant上。

QTG-Seq基本原理(流程如下)——

(1)群体

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引用\[2\]:第一代测序技术是指1975年由Frederick Sanger提出的链终止法以及1977年由Walter Gibert发明的链降解法。这些技术被称为第一代测序技术,因为它们是最早被使用的测序方法。第一代测序技术的特点是每次只能测定一条序列,但是可以得到较长的序列。引用\[3\]:个体重测序是对已知基因组序列的物种进行全基因组测序,将不同样品的测序reads与参考基因组进行比对,从而得到个体与参考基因组和个体之间的在基因组序列上的变异。个体重测序的目的是检测样品之间或样品与参考基因组之间的DNA变异信息,并开发特异分子标记用于后续高级分析。个体重测序的分析内容包括SNP检测、小插入缺失检测、结构变异检测等。 根据提供的引用内容,一代测序峰图基因型自行判读工具是指用于分析第一代测序技术产生的测序数据的工具。由于第一代测序技术每次只能测定一条序列,因此测序结果通常以峰图的形式呈现。基因型自行判读工具可以帮助研究人员根据峰图的特征来判断样品中的基因型。这些工具通常会提供一些基因型判读的准则和算法,帮助研究人员准确地解读测序数据。然而,由于第一代测序技术的限制,基因型自行判读工具可能需要一定的专业知识和经验才能正确地解读测序结果。 #### 引用[.reference_title] - *1* [7种测序平台](https://blog.csdn.net/acoikw2620/article/details/102050009)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v4^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* [kasp技术优点_【华智技术贴】分子标记技术及育种应用(下):基于测序技术的第三代分子标记...](https://blog.csdn.net/weixin_39963255/article/details/111682550)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v4^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [2020.9.2丨个体重测序、KASP分型产品介绍](https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/108357051)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v4^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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