分子模拟matlab代码,【分享】关于Boltzmann 的计算代码(MATLAB)

考虑到Boltzmann分布确实在模拟过程的重要性, 曾经收集过该类代码(只是玻尔兹曼机),先共享给大家(经典算法,需要修正)。

玻尔兹曼机【BM,BoltzmannMachine】在工作阶段的搜索法不能保证获得全部最优解的问题

用法及示例如下:

Usage:

[MINIMUM,FVAL] = ANNEAL(LOSS,NEWSOL,[OPTIONS]);

MINIMUM is the solution which generated the smallest encountered value when input into LOSS.

FVAL is the value of the LOSS function evaluated at MINIMUM.

OPTIONS = ANNEAL();

OPTIONS is the default options structure.

这是一段非常小的matlab程序,实现了遗传退火算法的模拟。

Example:

The so-called six-hump camelback function has several local minima in the range -3<=x<=3 and -2<=y<=2. It has two global minima, namely f(-0.0898,0.7126) = f(0.0898,-0.7126) = -1.0316. We can define and minimise it as follows:

camel = @(x,y)(4-2.1*x.^2+x.^4/3).*x.^2+x.*y+4*(y.^2-1).*y.^2;

loss = @(

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以下是一个简单的二维Lattice Boltzmann方法的matlab代码示例,用于模拟简单的Couette流: % 常数设置 omega = 1.9; % 碰撞频率 tau = 1/omega; % 粘度 w = [4/9,1/9,1/9,1/9,1/9,1/36,1/36,1/36,1/36]; %权值 c = [0,1,0,-1,0,1,-1,-1,1;0,0,1,0,-1,1,1,-1,-1]; %速度数组 cs = 1/sqrt(3); %速度缩放因子 % 初始化 Lx = 20; Ly = 10; % 模拟区域大小 U = 0.1; % 上墙移动速度 Nx = 101; Ny = 51; % 网格大小 nstep = 10000; % 模拟步数 ux = zeros(Nx,Ny); uy = zeros(Nx,Ny); % 速度场 rho = ones(Nx,Ny); % 密度场 % 碰撞迭代 for step=1:nstep % 计算在边界处的速度场 ux(1,:) = U; uy(1,:) = 0; uy(Nx,:) = 0; % 更新rho rho = sum(f,[],3); % 更新速度场 for i=1:9 cu = 3*(c(1,i)*ux+c(2,i)*uy); feq = w(i)*rho.*(1+cu/cs^2+(cu.^2-3*cs^2*(ux.^2+uy.^2))/(2*cs^4)); f(:,:,i) = f(:,:,i) - omega*(f(:,:,i)-feq); ux = sum(f.*c(1,:,:),3)./rho; uy = sum(f.*c(2,:,:),3)./rho; end % 绘制速度场 x = linspace(0,Lx,Nx); y = linspace(0,Ly,Ny); [X,Y] = meshgrid(x,y); imagesc(x,y,flipud(sqrt(ux.^2+uy.^2)')); colormap jet; colorbar; drawnow; end ``` 该代码使用Lattice Boltzmann方法模拟了简单的Couette流。在每一步中,它使用碰撞迭代更新分布函数,并计算速度场和密度场。在边界处,它设置上墙的速度。最后,它使用`imagesc`函数绘制速度场并显示出来。 请注意,这只是一个非常简单的Lattice Boltzmann方法代码示例。实际应用中,需要考虑更复杂的边界条件、多相流、湍流等等。

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