r语言回归分析_R语言之cox回归分析

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    Cox比例风险模型(Cox proportional-hazards model,也称为Cox回归),主要用于带有时间的生存结局的影响因素研究,或评价某个临床治疗措施对患者生存的影响。

    Cox模型可以由hazard function表示,h(t);简单的说就是t时刻死亡的风险,公式如下:

 h(t)=h0(t) × exp(b1x1 + b2x2 +…+ bpxp)

  •  t代表生存时间

  •  x1-xp代表协变量

  •  b1-bp代表协变量的回归系数

 R语言代码实现:

install.packages("survival")

library(survival)    

sur

#单因素Cox回归分析各个因素与患者生存的关系

summary(coxph(sur~x1,data=test))

#多因素Cox回归分析各个因素与患者生存的关系

summary(coxph(sur~x1+x2+x3,data=test))

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COX回归分析和nomogram是生存分析中常用的方法,R语言中有丰富的生存分析包,可以轻松实现这些分析。 首先需要安装并加载生存分析包`survival`和`rms`,可以使用以下命令: ``` install.packages(c("survival", "rms")) library(survival) library(rms) ``` 接下来,我们可以使用`coxph()`函数进行COX回归分析。以lung数据集为例,该数据集包含了228名肺癌患者的生存时间和一些基本信息,我们可以使用如下代码进行COX回归分析: ``` data(lung) fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + wt.loss, data = lung) summary(fit) ``` 其中,`Surv()`函数用于定义生存时间和事件,`time`表示生存时间,`status`表示生存状态(0表示存活,1表示死亡)。`age`、`sex`、`ph.ecog`、`wt.loss`为预测变量,可以根据实际情况进行修改。 输出结果中,`coef`列为每个预测变量的系数,`exp(coef)`列为各个预测变量的风险比(即相对危险度),`p`列为各个预测变量的显著性检验结果。 接下来,我们可以使用`nomogram()`函数生成nomogram图。nomogram图是一种直观的预测工具,可以根据个体的相关变量快速计算其生存概率。以上述COX回归分析结果为例,我们可以使用如下代码生成nomogram图: ``` nom <- nomogram(fit, fun = function(x) 1 - plogis(x), funlabel = "Survival Prob", predictor = TRUE, lp = TRUE) plot(nom) ``` 其中,`fun`参数用于定义生存概率函数,`funlabel`参数为生存概率函数的名称,`predictor`参数表示是否显示预测变量,`lp`参数表示是否显示线性预测(linear predictor)。 生成的nomogram图中,每个预测变量有一个刻度,每个刻度上有一个分数,可以通过将每个预测变量的分数相加,再在nomogram图中找到对应的总分数,即可得到该个体的生存概率。
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