该篇文章参考了ade4的软件包的说明,以及如下文档:
一:数据输入格式:
每一行代表样本,每列代表一个表征值。第二例为分组因子。
二:命令处理:
x
library(ade4)
row.names=1#第一列为样本名称
y
pca1
gcol = c(1, 2, 3,4,5,6,7,8,9)#作图时点的颜色
s.class(dfxy = pca1$li, fac = y, col = gcol, xax = 1, yax = 2)#分类
三:图形输出如下:
四:补充:
pca1
运行R命令names(pca1),总共输出13箱都是输出结果
[1] “tab” “cw” “lw” “eig” “rank” “nf” “c1” “li” “co” “l1”
[11] “call” “cent” “norm”
每一项都有特殊意义,其中eig代表的是特征值,输出特征值命令为:
pca1$eig
画出特征值碎石图命令为:
barplot(pca1$eig)
查看特征值贡献率命令为:
kip