python图像坐标系_python医学影像2：坐标系

(出于版权方面的考虑，删除了引用的三张图片 -- 2016-07-05)医学影像文件有两个坐标系，一个用于现实世界，一个用于计算机显示。

上图是现实世界的坐标系，想象下一个人站在磁共振设备当中，进行逐点扫描。其三个坐标轴分别称为Axial、Coronal、Sagittal。

Axial图像示例

Coronal图像示例

Sagittal图像示例

用于计算机显示的坐标系，就是体素坐标系了(voxel coordinates)，把MRI扫描结果看成一个三维数组，每个元素即为一个体素。

用nipy.load_image打开一个nii文件，把它的坐标映射打印出来：

epi_img = nipy.load_image('file_name.nii')

print epi_img.coordmap

epi_img.coordmap:

AffineTransform( function_domain=CoordinateSystem(coord_names=('i', 'j', 'k'), name='voxels', coord_dtype=float64),

function_range=CoordinateSystem(coord_names=('scanner-x=L->R', 'scanner-y=P->A','scanner-z=I->S'), name='scanner', coord_dtype=float64),

affine=array([[ 0. , 0. , 1.20000458, -78.1088028 ],

[ -0.9375 , 0. , 0. , 146.58000183],

[ 0. , -0.9375 , 0. , 134.55000305],

[ 0. , 0. , 0. , 1. ]])

)

其中的affine保存了现实世界坐标和体素坐标系的映射关系：

print 'coordmap:', epi_img.coordmap([0, 0, 0])

输出：

coordmap: [ -78.1088028 146.58000183 134.55000305]

即，affine数组的第4列，保存的是体素坐标系的原点[0,0,0]在现实世界中的位置信息，上述输出中的[ -78.1088028 146.58000183 134.55000305]是相对于医疗设备中心点的位置信息，单位为毫米。