sam格式的结构和意义_SAMtools: SAM格式的处理利器

SAM及其相关工具

SAM格式介绍

SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，几乎所有流程都会产生SAM/BAM文件作为中间步骤，然后是后续专门的分析过程。

以一个简单的例子介绍.第一幅图表示read和参考基因组比对可能出现的情况。r001/2表示paired end数据。r003是嵌合read，r004则是原序列打断后比对结果。

原始数据

经过专门的比对软件，如BWA,BOWTIE2等，得到的SAM文件如下所示,需要研究的就是如下这几行。

比对后存放形式

术语和概念

在学习SAM格式之前，请确认自己是否对如下概念有清楚的认识|

read: 测序仪返回的原始序列.一个read可以包括多个segment。read之间的先后顺序表示被测序仪读到的时间前后关系.

segment: 一段连续的序列或子序列

linear alignment: 线性联配表示一个read比对到单个参考序列，可以存在插入，缺失，跳过(skip),剪切(clip), 但是不存在方向改变的情况(比如说一部分和正向链联配，另一个位置则是和负向链联配)。最简单的判断的方式就是，一个linear alignment只用一行记录。

chimeric alignment: 嵌合联配需要多行记录。比如说r003第一个记录是后6个匹配，第二个记录则是反向序列的后5个匹配。第一个被称之为"representative",其他都是"supplementary"

read alignment: 无论是linear alignment, 还是chimeric alignment, 只要能完整表示一个read，都成为是read alignment

multiple mapping: 由于存在重复区，一个read 可能比对到参考基因组的不同区域。其中一个被认为是primary，其他都是secondary.

两个系统|1-based coordinate system(SAM,VCF,GFF,wiggle)和0-based coordinate system(BAM, BCFv2, BED, PSL).自行用R和Python感受一下两者的不同。

chimeric alignment 可能是结构变异，基因融合，参考序列误组装，RNA-Seq，实验protocol等因素造成。对于chimeric alignment的里面每一个linear alignment而言，由于相互之前不存在重叠，故而联配质量较高，适合用于SNP/INDEL calling.相反, multiple mapping则是因为重复造成(read越长出现的概率越低), 相互之间存在重叠，仅有其中一条有最优的匹配，其他联配质量过低会被SNP/INDEL caller忽略。

第一部分| SAM Header(非强制)

这个部分能够被/^@[A-Z][A-Z](t[A-Za-z][A-Za-z0-9]:[ -~]+)+$/或/^@COt.*/这两个表达式进行匹配。比如说你随便有一个BAM文件(包含header),就能被这个表达式进行匹配。

samtools view -h S43S1-M_H3K5FDMXX_L1_sort.bam

| awk '$0 ~ /^@[A-Z][A-Z](t[A-Za-z][A-Za-z0-9]:[ -~]+)+$/ { print $0}'

header

其中第一行@HD，表示参考基因组的排序情况. 然后@SQ则是参考基因组的每一条序列的具体信息，命名和长度。@PG记录运行的命令，以便你检查代码。对于GATK还需要提供@RG