项目使用encode_UCSC Genomen Browser使用

最新推荐文章于 2024-03-25 14:55:11 发布
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本文介绍了如何利用UCSC Genome Browser寻找调控基因的转录因子，讲解了包括Transcript、TF、TFBS和Motif在内的相关术语，并详细阐述了通过motif分析预测转录因子结合位点的操作步骤，提供了预测ASS1基因转录因子的实例。
摘要由CSDN通过智能技术生成

UCSC Genome Browser入门——

以寻找调控基因的转录因子为例

UCSC Genome Browser简介

UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC)创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供一系列的网页分析工具。

用户可以通过它可靠和迅速地浏览基因组的任何一部分，并且同时可以得到与该部分有关的基因组注释信息，如已知基因，预测基因，表达序列标签，信使RNA，CpG岛，克隆组装间隙和重叠，染色体带型，小鼠同源性等。用户也可以因为教育或科研目的加上他们自己的注释信息。UCSC Genome Browser应用相当广泛，比如Ensembl 就是使用它的人类基因组序列草图为基础的。[1]

那么，今天我们就以寻找调控某一特定基因的转录因子为例，简要介绍U

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weixin_39638305
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基因注释神器UCSC Genome Browser使用教程
leroylee7的博客
11-26 1万+
近期，笔者接触到了一款神仙工具——UCSC Genome Browser，它可以帮助我们可视化某个基因的相关信息。 在 Wiki 百科上，这款工具的介绍是： UCSC Genome Browser 是由加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）托管的在线且可下载的基因组浏览器。它是一个交互式网站，可以访问来自各种脊椎动物和无脊椎动物物种的基因组序列数据，并集成了大量对齐注释。 浏览器也是一个图形查看器，优化后可以支持快速交互性能，可以快速可视化、检查和查询数据。并且，基因组浏览器数据库、浏览工具、
肯特：UCSC Genome Browser源代码树。 稳定分支：“测试版”
02-24
肯特：UCSC Genome Browser源代码树。 稳定分支：“测试版”
UCSC基因组浏览器用法
long_1998的博客
11-29 1172
这个项目是由国家卫生研究院（NIH）的一个计划资助的，其主要目标是揭示人类基因组不同部分的表观遗传状态，以及这些状态如何在不同的细胞类型、组织和疾病状态下变化。UCSC基因组浏览器是一个强大的在线工具，主要用于查看和分析多种生物的基因组数据。UCSC基因组浏览器对于基因组学、分子生物学和相关领域的研究人员来说是一个非常有价值的资源，它不仅提供了大量的基因组数据，还提供了强大的分析和可视化工具。：UCSC基因组浏览器包含了多种物种的基因组数据，包括人类、小鼠、斑马鱼等，用户可以选择不同的物种进行查看。
UCSC Genome Browser 使用教程
最新发布
qq_42962326的博客
03-25 192
UCSC Genome Browser 使用教程，看这篇就够了
UCSC Genome Browser Docker Image
u010955999的博客
01-21 488
UCSC Genome Browser Docker Image A minimal UCSC Genome Browser mirror. http://genome.ucsc.edu/ License This is a Dockerized version of the UCSC Genome Browser source code. The license is the same ...
【UCSC Genome Browser】比老东家还出名的基因组数据库
自由 平等~忠诚 奉献
10-05 1384
UCSC基因组浏览器，比老东家还出名的数据库 对于生命科学从业者来讲，UCSC基因组浏览器可能并不陌生，这可是基因组的大百科全书，但是UCSC是什么呢…好像是加州大学。。什么。。什么。。分校。 好吧，我们一起百度下 UCSC 最先搜索出来的是UCSC Genome Browser，其次才是他的老东家 加州大学圣克什么。。分校（当然，这不重要…） 果然是一款比老东家还要出名的基因组数据库。 因为平时工作中经常会用到这个数据库，宝藏一般汇聚了各类信息，使你的工作事半功倍。所以计划仔细研究下这个数据库，
mpeg.rar_mpeg encode_mpeg2
09-22
MPEG（Moving Picture Experts Group）是视频和音频压缩标准的集合，而“mpeg_encode_mpeg2”则指明了重点是MPEG-2编码器的实现。描述中提到使用VC，即Visual C++编程语言，来编写代码来处理MPEG-2格式的视频流，这...
jpeg-encode.zip_jpeg_jpeg encode_jpeg encode linux_linux视频监控_视频监
07-15
标题中的“jpeg-encode.zip_jpeg_jpeg encode_jpeg encode linux_linux视频监控_视频监”表明这个压缩包可能包含了一组用于在Linux环境下进行JPEG编码的工具或代码库，特别适用于资源有限的嵌入式系统，例如视频监控...
php使用json_encode对变量json编码
10-26
主要是说明 json_encode 使用时一个需要注意的细节，无论返回的是数组还是 json，都不代表这一定就是个错误的返回结果，当前端需要的数组时，数组就是正确的结果，反之亦然
MFC_Encode.rar_mfc_encode_mfc编码
09-22
总的来说，"MFC_Encode.rar"中的内容是一个实践性的项目，可以帮助开发者深入了解如何在嵌入式设备上利用硬件加速进行高效的H264编码，这对于物联网(IoT)设备、智能电视、监控系统等领域具有重要的实际应用价值。...
encode_geohash.rar_geohash_geohash encode_matlab与geohash
09-23
在给定的“encode_geohash.rar”压缩包中，包含了一个名为“encode_geohash.m”的MATLAB程序，这是对GeoHash编码的一种实现。MATLAB作为一种强大的数学计算环境，常用于各种科学计算和数据分析，包括地理信息系统...
UCSC下载ENCODE数据
diedie4488的博客
09-21 729
ENCODE数据库用于存放基因组原件，所有的测序数据（原始数据以及每一步处理后的数据以及最终的结果）都是开放下载的。假如说去官网下载的话会比较麻烦，这里可以通过UCSC的数据库下载（真的是神器啊）！下面介绍方法： 　　https://www.genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html 直接在这个网址里面下载就可以了，里面有hg19版本的说...
转录调控必知数据库ENCODE，介绍及使用方法
leroylee7的博客
11-28 5947
按照上图的展示，目前的ENCODE通过多种测序数据来反应基因组变化的过程，分别是通过 Hi-C 来观察三维基因组 ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后，进行分析后构建的自己数据库。 文...
encode & decode 使用指南
zhan_lijian的博客
11-13 2140
encode & decode 使用指南 一、先抛结论 1. 所有 query 的拼接，= 后的字符串必须 encode 函数功能介绍 encodeURI() 函数通过将特定字符的每个实例替换为一个、两个、三或四转义序列来对统一资源标识符 (URI) 进行编码 (该字符的 UTF-8 编码仅为四转义序列)由两个 “代理” 字符组成)。 encodeURIComponent() 函数通过将一个，两个，三个或四个表示字符的UTF-8编码的转义序列替换某些字符的每个实例来编码 URI （对于由
易基因｜ENCODE组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程
E_gene的博客
07-15 1857
以表观组学研究中的ChIP-seq为例，ENCODEConsortium使用不同的表观基因组分析，并制定对应的分析方案和指南，具有绝对的权威和参考意义。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。表3转录因子ChIP-seq分析流程的inputs。...
c# url encode编码转换_encode 和decode——带你探索编码与解码的世界
weixin_39798579的博客
11-26 4896
本文作者：孙晓玲文字编辑：余术玲技术总编：张 邯重磅！！！爬虫俱乐部将于2019年10月2日至10月5日在湖北武汉举行Python编程技术培训，本次培训采用理论与案例相结合的方式，旨在帮助零基础学员轻松入门Python，由浅入深学习和掌握Python编程技术，尤其是爬虫技术和文本分析技术。该培训目前在火热招生中，点击《爬虫俱乐部2019十一Python编程技术培训报名啦！》或点击文末...
爬虫001，爬取百度网页，encode和decode的区别，requests处理post请求,get获取
m0_57353034的博客
02-07 1535
爬取百度网页 from urllib.request import urlopen # urlopen函数用于实现对目标url的访问 url="http://www.baidu.com" resp=urlopen(url) # print(resp.read().decode('utf-8')) with open("mybaidu.html",mode="w",encoding='utf-8')as f: f.write(resp.read().decode('utf-8')) enc.
【UCSC Genome Browser】- 小技巧
自由 平等~忠诚 奉献
10-05 1876
【UCSC Genome Browser】- 小技巧 Browser 视图介绍 UCSC Genome Browser根据基因组位置信息，将不同数据库以track（轨道）的方式聚合在同一个视图中，使得研究人员可以进行多层次的比较和分析。 我们选择几个track（数据库）进行展示，不同的track可能有不同的展示方式，在后续的文章中我们会逐个介绍。 Browser 配置 点击视图下方的configure 按钮，可以对浏览器进行设置。 image width 可以根据自己的显示器宽度调节； abel are
UCSC genome browser 个人track 安装
weixin_34106122的博客
03-06 639
处理基因组数据，很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观，如果绘图的话，把n多G把数据用画图出来不仅费劲，就算操作也不方便。因此我们可以用UCSC开发出的genome browser，可以直接把数据信息写成track，连上genome browser 上查看，它还支持安装到本地服务器上（genome browser in box ，简称GBIB)，genome browser 支...
tokenizer.encode_plus和直接使用tokenizer有什么区别
07-13
`tokenizer.encode_plus`和直接使用`tokenizer`的区别在于它们的功能和输出结果。 1. `tokenizer.encode_plus`: 这是一个方便的函数，它将文本作为输入，并返回编码后的结果。使用`encode_plus`函数，你可以指定很...
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