转录调控必知数据库ENCODE，介绍及使用方法

最新推荐文章于 2024-04-25 09:37:11 发布
最新推荐文章于 2024-04-25 09:37:11 发布
阅读量5.7k 收藏 6
点赞数
原文链接：https://www.51xxziyuan.com/55/1363.html
版权

下载.jpeg

 

 

按照上图的展示，目前的ENCODE通过多种测序数据来反应基因组变化的过程，分别是通过

  • Hi-C 来观察三维基因组

  • ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控

  • 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用

  • RNA-seq 来研究基因表达的变化

  • RIP-seq 研究在转录后调控的信息

我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后，进行分析后构建的自己数据库。

 

 

文章剩余内容<<<<<

 

科研小行星
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 6
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
【UCSC Genome Browser】比老东家还出名的基因组数据库
自由 平等~忠诚 奉献
10-05 1346
UCSC基因组浏览器，比老东家还出名的数据库 对于生命科学从业者来讲，UCSC基因组浏览器可能并不陌生，这可是基因组的大百科全书，但是UCSC是什么呢…好像是加州大学。。什么。。什么。。分校。 好吧，我们一起百度下 UCSC 最先搜索出来的是UCSC Genome Browser，其次才是他的老东家 加州大学圣克什么。。分校（当然，这不重要…） 果然是一款比老东家还要出名的基因组数据库。 因为平时工作中经常会用到这个数据库，宝藏一般汇聚了各类信息，使你的工作事半功倍。所以计划仔细研究下这个数据库，
encode数据库批量下载
qq_42537946的博客
06-07 216
encode数据库只有官网的api指导手册，对初学者特别是学生太不友好了，自己浅编一下，希望对大家有所帮助
探秘 encode/databases：构建高性能数据库应用的新里程
最新发布
gitblog_00019的博客
04-25 250
探秘 encode/databases：构建高性能数据库应用的新里程 项目地址:https://gitcode.com/encode/databases 项目简介 encode/databases 是一个开源的 Python 库，由 Encode 团队维护，它旨在提供一套现代化、类型安全且易于使用的数据库抽象层。该项目的目标是简化与各种数据库（如 PostgreSQL、SQLite、MySQL 等...
ENCODE转录因子靶基因数据库
庐州月光的博客
11-03 2265
欢迎关注”生信修炼手册”!ENCODE数据库中包含了许多转录因子的chip-seq数据，通过对chip-seq数据进行分析，可以预测得到该转录因子对应的靶基因数据。通过整合多个转录因子的...
易基因｜ENCODE组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程
E_gene的博客
07-15 1815
以表观组学研究中的ChIP-seq为例，ENCODEConsortium使用不同的表观基因组分析，并制定对应的分析方案和指南，具有绝对的权威和参考意义。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。表3转录因子ChIP-seq分析流程的inputs。...
做研究用hg19还是hg38基因组？一行代码将hg19的bw文件转成hg38
微生信
08-28 936
数据分析的时候，一定要看清楚，网上的数据到底是hg38还是hg19！因为除了大型数据库外，其他的小型数据库、网站经常是发了文章就不再更新，甚至是发了文章6个月以后就找不到那种，一定要“三思而后行”，避免浪费时间！...
Python中encode()方法的使用简介
12-24
encode() 方法返回字符串的编码版本。默认编码是当前的默认字符串编码。可给予设置不同的错误处理机制。 语法 以下是encode()方法的语法： str.encode(encoding='UTF-8',errors='strict') 参数 encoding — 这是...
JavaScript给url网址进行encode编码的方法
10-24
主要介绍了JavaScript给url网址进行encode编码的方法,实例分析了javascript中encodeURIComponent函数的使用技巧,需要的朋友可以参考下
php中json_decode()和json_encode()的使用方法
12-19
1.json_decode() json_decode ...json_decode — 对 JSON 格式的字符串进行编码 说明 mixed json_decode ( string $json [, bool $assoc ] ) ...参数 json 待解码的 json string 格式的字符串。...
encoded:ENCODE项目的元数据数据库
05-12
编码元数据数据库 系统安装（OSX Catlina 10.15.2） 请参阅。 ENCODE安装了Snovault，因为它是一个依赖项。 两者的系统安装相同。 但是，您不需要自己设置一个正在运行的Snovault实例。 应用程序安装 有关问题，请首先参阅。 在您的工作目录中创建一个虚拟环境。 本示例使用python模块venv。 其他选项也可以使用，例如conda或pyenv。 请注意，更新应用程序时，较早版本的pip可能会导致问题。 在MacOS上，已知可以使用pip 21.0.1 。 $ cd your-work-dir $ python3 -m venv encoded-venv $ source encoded-venv/bin/activate $ pip install -U pip==21.0.1 克隆仓库并放入cd git clone git@github.com:
The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project
08-22
ENCODE(ENCyclopedia Of DNA Elements)（DNA元件百科全书）是一个生物方面重要的数据库，本文对ENCODE计划以及这个数据库的概况做了介绍。
PHP实现对文本数据库的常用操作方法实例演示
12-19
我们以一个留言本程序为例，简述一下PHP实现对文本数据库的数据显示、加入、修改、删除、查询五大基本操作的方法。 此文本数据库共有字段10个：客户IP、发言时间、客户名、客户EMAIL、客户主页地址、留言表情图片名...
利用共表达和RNA SEQ数据进行差异基因表达分析
wangprince2017
02-20 3937
MRFSEQ As a fundamental tool for discovering genes involved in a disease or biological process, differential gene expression analysis plays an important role in genomics research. High throughput sequencing technologies, e.g., RNA-Seq, are increasingl...
python的encode()和decode()的用法及实例
热门推荐
weixin_50853979的博客
07-07 2万+
很多时候我们读取数据容易看到的是乱码，因为编写这个文件的人为了存储、私密保存等原因会用utf-8、gbk、ASCII等进行编码。编码我们可以用encode方法，解码我们可以用decode方法。目录1.encode函数的用法及实例（1）encode()的语法（2）用法：将目标字符串str编写为目标二进制数据bytes类型，即为编码过程。（3）实例①转为目标bytes类型②查看返回类型2.decode函数的用法及实例（1）decode()的语法（2）用法：将目标二进制数据bytes转为目标字符串str类型，即为
项目使用encode_UCSC Genomen Browser使用
weixin_39638305的博客
01-12 1498
UCSC Genome Browser入门——以寻找调控基因的转录因子为例UCSC Genome Browser简介UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC)创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供一系列的网页分析工具。用户可以通过它可靠和迅速地浏览基因组的任何一部分，并且...
UCSC下载ENCODE数据
diedie4488的博客
09-21 725
ENCODE数据库用于存放基因组原件，所有的测序数据（原始数据以及每一步处理后的数据以及最终的结果）都是开放下载的。假如说去官网下载的话会比较麻烦，这里可以通过UCSC的数据库下载（真的是神器啊）！下面介绍方法： 　　https://www.genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html 直接在这个网址里面下载就可以了，里面有hg19版本的说...
PHP 使用json_encode 解析数据库查询结果, 得到 json 最外层有中括号 [ ]
xkjscm的博客
04-27 9059
习惯了json最外层是大括号 { } , Android端解析也默认最外层是大括号, 今天遇到一个问题, json_encode生成的代码最外层有 [ ] 中括号, 导致Android端解析失败. 原因:  json_encode 解析从数据库中查询出来的数据. 该数据以二维数组的形式存在. json_encode时, 就默认在最外层包含 一个 中括号  [ ] 结果:
json_encode 函数使用方法
07-12
json_encode() 函数用于将 PHP 变量转换为 JSON 格式的字符串。它的语法如下： ```php string json_encode ( mixed $value [, int $options = 0 [, int $depth = 512 ]] ) ``` 参数说明： - `$value`：必需，要编码为 JSON 字符串的值。 - `$options`：可选，用于指定编码选项。可以是以下常量之一： - `JSON_HEX_TAG`：所有的 < 和 > 转换为 \u003C 和 \u003E。 - `JSON_HEX_AMP`：所有的 & 转换为 \u0026。 - `JSON_HEX_APOS`：所有的 ' 转换为 \u0027。 - `JSON_HEX_QUOT`：所有的 " 转换为 \u0022。 - `JSON_FORCE_OBJECT`：将数组编码为对象而非数组。 - `JSON_NUMERIC_CHECK`：将所有数字字符串编码为数字。 - `JSON_PRETTY_PRINT`：使用空格进行格式化。 - `JSON_UNESCAPED_SLASHES`：不转义斜杠。 - `JSON_UNESCAPED_UNICODE`：不转义 Unicode 字符。 - `$depth`：可选，指定最大递归深度。默认值为 512。 示例： ```php $data = array( 'name' => 'John', 'age' => 30, 'city' => 'New York' ); $json = json_encode($data); echo $json; ``` 输出结果： ```json {"name":"John","age":30,"city":"New York"} ``` 在上面的示例中，我们将一个 PHP 数组转换为 JSON 字符串，并使用 `echo` 输出了结果。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值