在文本、图像等非结构化数据领域，需要对提取的结构进行推理，例如the dependency tree of sentences，the scene graph of images 等，同时也需要建立图推理模型(graph reasoning models)。图神经网络（GNNs）是通过图节点之间的信息传递来获取图的依赖性的连接模型。与标准神经网络不同，图神经网络可以以任意深度表示来自其邻域的信息。这篇综述文章详细的论述了现有的图神经网络模型、分类应用，并提出了四个开放的问题，为今后的研究奠定基础。
Introduction
数据类型可以分为两大类，分别是：欧几里德结构数据(Euclidean Structure Data) 以及 非欧几里德结构数据(Non-Euclidean Structure Data）。直观上看，排列整齐的、可以定义“几何距离”的数据称为欧几里得结构数据，否则，就定义为非欧几里得结构数据。
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图分析作为机器学习中一种独特的非欧氏数据结构研究方法，主要研究节点分类、链路预测和聚类。图神经网络（GNNs）是一种基于深度学习的在图域上运行的方法。下面介绍GNNs的由来。
- GNNs的第一个启发来源于卷积神经网络（CNNs）。CNN善于提取多尺度的局部空间特征，并将其组合起来构造有效表征的方式，从而在几乎所有的机器学习领域取得了突破，并开启了深度学习的新时代（Deep Learning），其主要特征包括：局部链接、共享权重及多层结构的使用。这些对于解决图领域上的问题具有重要价值，在于：1）图是最典型的局部链接结构；2）与传统图谱理论相比，共享权降低了计算量；3）多层结构是处理层次模式的关键，它能捕捉多种特征。然而，CNNs只能对图像（2D网格）和文本（1D序列）等规则欧氏数据进行操作，因此，需要探求CNNs对图的推广应用。这其中主要的难点在于，在非欧几里得数据领域中定义局部卷积操作与池化算子。
- GNNs的另一个启发来源于图嵌入理论的发展，图嵌入是学习用低维向量表示图的节点、边或子图。这其中一些典型算法：DeepWalk，是第一种基于表示学习的图嵌入方法，它利用representation learning 和word embedding的思想，对生成的随机游走应用SkipGram模型实现节点的表示。node2vec、LINE和 TADW 等类似方法也取得了突破性进展。但这类方法有两个明显缺点：一是编码器之间没有参数共享，意味着计算效率底下，参数的数量将随着节点数量线性增长；二是这种直接嵌入的方法缺乏模型泛化能力，不能处理动态图或推广到新图。
为此，基于CNNs和图嵌入技术，提出了一种从图结构中集合信息的图神经网络（GNNs）。然后，解释下图神经网络值得研究的基本原因：
- 首先，标准的神经网络如CNNs和RNNs不能很好地处理图形输入，因为它们是按照特定的顺序对节点的特征进行叠加的，而图天生不具备顺序的概念。为了完整地表示一个图，我们需要遍历所有可能的顺序作为模型的输入，如CNNs和RNNs，这在计算时是非常多余的。为了解决这个问题，GNNs在每个节点上分别传播，忽略节点的输入顺序，换句话说，GNNs的输出对于节点的输入顺序是不变的。
- 其次，图的边表示两个节点职期间的依赖关系信息。在标准神经网络中，这种依赖信息仅被视为节点的特征。但GNN可以利用这种图结构进行传播，而不必将其用作特征的一部分。通常，GNN通过其邻域状态的加权总和来更新节点的隐藏状态。
- 最后，推理是高级人工智能的一个非常重要的研究课题，而人脑的推理过程几乎都是基于从日常经验中提取的图结构。标准的神经网络可通过学习数据的分布来生成合成图像和文档的，但无法从大型实验数据中学习到推理图（the reasoning graph）。GNN试图从诸如场景图片和故事文档之类的非结构化数据生成图形，这可以成为进一步高级AI的强大神经模型。最近，已经证明具有简单架构的未经训练的GNN也会表现良好（Mean-field theory of graph neural networks in graph partitioning）
关于图神经网络已经有一些比较全面的综述:
[1] Geometric deep learning on graphs and manifolds using mixture model cnns 将CNN推广到非欧式结构数据。 Geodesic convolutional neural networks on riemannian manifolds、Learning shape correspondence with anisotropic convolutional neural networks 提出了一些基于流形的模型。 Geometric deep learning: going beyond euclidean data 对几何深度学习进行了全面的回顾. 这些研究专注于将卷积推广到图或流形，但是在本文仅关注在图上定义的问题，并研究了图神经网络中使用的其他机制，例如门机制，注意力机制和跳过连接机制。
[2] Neural message passing for quantum chemistry 提出了消息传递神经网络（MPNN），它可以推广到几种图神经网络和图卷积网络方法； Non-local neural networks 提出了一种non-local神经网络（NLNN），该网络将几种“self-attention”式的方法统一起来。这两个研究着眼于特定的应用领域，仅给出了如何使用其框架来概括其他模型的示例，并且未提供对其他图神经网络模型的评论。
[3] Attention models in graphs: A survey 回顾了图注意力模型。Relational inductive biases, deep learning, and graph networks 提出了图网络（GN）框架，该框架可以推广到其他模型。然而，图网络模型是高度抽象的，上述研究也仅给出了应用的粗略分类。
[4] Deep learning on graphs: A survey 和 A comprehensive survey on graph neural networks 是关于GNN上比较新的综述，将GNN分为五类：图卷积网络，图注意力网络，图自动编码器，图生成网络和图时空网络。
Models
这部分介绍图神经网络中各种模型。GNN是非欧几里得结构上的有用工具，已有大量文献提出了各种方法来尝试提升该模型。
在图中，每个节点是由其节点的特征和相关节点来定义的。GNN的目的是学习一个状态嵌入
其中，
其中，F--global transition function, G--global output function.
H 的值是等式（3）的不动点。
补充 ： 巴纳赫不动点定理，可以参考 张楚珩：【泛函基础 1.4】Banach 不动点定理
在如此这般的条件下，对函数 F 存在一个点 x 使得 F(x)=x。盗用一个直观解释：比如你搅一杯咖啡，前提是没有咖啡溅出，那么杯子里面一定有一个点维持不动！可以把你搅咖啡看做一种映射，那么根据不动点理论，就是，一定有一个点经过这种映射之后维持原状。
有了不动点定理的支持，GNN使用如下经典的迭代方程对H求解：
当我们搭建好了GNN的框架后，下一个问题是如何学习f和g的参数。通过有监督学习的方式，用特定节点的信息（
该式可以基于梯度下降的策略求解：
- 节点v的状态
由（1）式迭代更新，直到T时刻达到（3）的不动点解
.
- 梯度权重W 由（6）计算得出
- 权重W根据最后一步中计算出的梯度进行更新
Limitations
尽管实验结果表明GNN是对于结构数据表现很好，但是原始GNN仍然存在一些局限性：
首先，对于不动点，原始GNN迭代更新节点隐藏状态的效率不高。如果放宽不动点的假设，我们可以设计多层GNN以获得节点及其邻域的稳定表示。
其次，GNN在迭代中使用相同的参数，而大多数流行的神经网络在不同的层中使用不同的参数（分层的特征提取方法）。此外，节点隐藏状态的更新是一个顺序过程，可以借鉴RNN内核（如GRU和LSTM）。
第三，边也有一些信息性特征，但这些特征无法在原始GNN中有效建模。 例如，知识图谱的边具有关系的类型，并且通过不同边缘传播的消息应根据其类型而有所不同。 那么，如何学习边的hidden states 也是一个重要的问题。
最后，如果我们关注节点的表示而不是图的结构，则不太适合使用不动点理论，因为不动点上的表示分布在值上将非常平滑、对于区分每个节点的信息量较小。
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