双代号网络图基础算法_从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（5）

在前面的4期中，我们分别给大家讲解了网络图的构造、 STRING 数据库、Cytoscape 软件的安装以及使用，链接如下：

从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(1)

【科研猫·绘图】从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(2)

从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(3)

从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(4)

再来回顾一下我们的研究课题

如何从100多个差异表达的基因当中快速锁定关键基因

这个课题的分析步骤分了几个步骤：

1、从基因列表到蛋白互作；

2、从蛋白互作到互作网络；

3、从互作网络到关键基因。

我们已经完成了第两步，从一堆无序的基因一步步做出来一个漂亮的网络图：

但是如何从这个高大上的网络图当中快速锁定我们的关键基因呢？甚是头大。

前面我们也说过，Cytoscape 是网络图分析软件中的龙头老大，没有它完成不了的工作。所以，只要我们没跳出网络图的范畴，任何分析都能用 Cytoscape解决。

回归到科研实际工作中，我们发现“测数据、找基因”是很多人的科研套路：先是从临床样本中做个测序或者芯片，找到一大堆基因，然后再千挑万选从中找出最关键的，可能对表型变化影响最大的基因，我们称之为关键基因(Key gene)或者核心基因(Hub gene)。

既然说到Cytoscape可以做这样的分析，那我们如何实现呢？很简单，通过Cytoscape的插件，其中最常用的两